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Je vais analyser des données métagénomiques shotgun
Analyse statistique et bioinformatique en biologie
Je suis biologiste et chercheur spécialisé en analyse statistique, bioinformatique, microbiologie et écologie microbienne. J’utilise R, DADA2, QIIME2, Phyloseq et QGIS pour analyser des données biolog...
À propos de ce service
Vous avez besoin d’aide pour analyser des données métagénomiques shotgun ? Je peux vous aider à traiter, assembler, analyser, visualiser et interpréter vos jeux de données métagénomiques.
J’ai une expérience pratique dans l’analyse de métagénomiques shotgun en utilisant des workflows bioinformatiques établis, notamment MEGAHIT, metaSPAdes, SqueezeMeta et R.
Je peux vous aider avec :
Contrôle de qualité et prétraitement
Assemblage de métagénomes
Profilage taxonomique et composition de la communauté
Profilage fonctionnel et annotation
Analyse d’abondance et comparaison
Analyse statistique et abondance différentielle
Visualisations de qualité publication
Interprétation biologique
Workflows d’analyse reproductibles
Je choisis le workflow en fonction de votre question de recherche, des données de séquençage, du design expérimental et des métadonnées.
Veuillez me contacter avant de commander si vous n’êtes pas sûr du package ou du workflow adapté à votre dataset.
FAQ
Traduction automatique
Quels types de données métagénomiques pouvez-vous analyser ?
Je peux travailler avec des jeux de données métagénomiques shotgun pour des analyses taxonomiques, fonctionnelles, d’abondance, statistiques et comparatives. Veuillez me contacter avant de commander pour que je puisse examiner votre dataset et vos objectifs.
Pouvez-vous analyser des fichiers FASTQ bruts ?
Oui. Selon le package, je peux travailler avec des fichiers FASTQ bruts et effectuer une évaluation de la qualité, un prétraitement, un assemblage et une analyse métagénomique en aval.
Pouvez-vous assembler mon métagénome ?
Oui. Je peux réaliser l’assemblage de métagénomes en utilisant MEGAHIT ou metaSPAdes, en fonction des caractéristiques du dataset et des objectifs de l’analyse.
Utilisez-vous SqueezeMeta ?
Oui. SqueezeMeta fait partie des workflows que j’utilise pour l’analyse métagénomique intégrée. Je peux également utiliser MEGAHIT ou metaSPAdes pour l’assemblage et d’autres outils complémentaires si nécessaire.
Pouvez-vous réaliser un profilage fonctionnel ou une annotation ?
Oui. Le profilage fonctionnel et l’annotation peuvent être inclus en fonction du dataset, de la question de recherche et du package choisi. Le workflow et les outils spécifiques seront déterminés selon les besoins du projet.
Pouvez-vous analyser l’abondance différentielle ?
Oui, lorsque la conception expérimentale, les métadonnées, la taille de l’échantillon et la structure des données permettent une analyse d’abondance différentielle appropriée.
Pouvez-vous créer des figures de qualité publication ?
Oui. Selon le package, je peux créer des figures de qualité publication pour la composition taxonomique, l’abondance, les profils fonctionnels, les comparaisons statistiques et d’autres résultats métagénomiques pertinents.
Pouvez-vous m’aider à choisir le workflow métagénomique approprié ?
Oui. Je peux examiner votre question de recherche, les informations de séquençage, les métadonnées, le design de l’étude et les données disponibles, puis recommander un workflow d’analyse adapté.
