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Je vais effectuer une analyse bioinformatique des données du microbiome
Analyse statistique et bioinformatique en biologie
Je suis biologiste et chercheur spécialisé en analyse statistique, bioinformatique, microbiologie et écologie microbienne. J’utilise R, DADA2, QIIME2, Phyloseq et QGIS pour analyser des données biolog...
À propos de ce service
Vous avez besoin d’aide pour analyser des données de microbiome ou d’amplification microbienne ? Je peux vous aider à traiter, analyser et interpréter vos données en utilisant QIIME2, DADA2, Phyloseq et R.
Je peux travailler avec des jeux de données 16S rRNA et autres données d’amplification microbienne et fournir :
- Traitement et évaluation de la qualité des données avec QIIME2/DADA2
- Analyse de la composition taxonomique et de la diversité
- Diversité alpha et beta
- Analyse d’ordination et de structure communautaire
- Analyse statistique et visualisation
- Analyse de l’abondance différentielle lorsque c’est pertinent
- Figures de qualité publication et interprétation claire
Vous recevrez : résultats traités, sorties statistiques, figures claires, interprétation des résultats et workflows d’analyse reproductibles si inclus dans votre package.
Je me concentre sur le choix des méthodes appropriées en fonction de votre question de recherche, de la conception expérimentale et de la structure des données.
Veuillez me contacter avant de commander si vous n’êtes pas sûr du package adapté à votre dataset ou si vous avez besoin d’un workflow bioinformatique spécifique.
FAQ
Traduction automatique
Quels types de données de microbiome pouvez-vous analyser ?
Je peux analyser des jeux de données d’amplification microbienne tels que les données 16S rRNA et d’autres jeux compatibles en utilisant QIIME2, DADA2, Phyloseq et R. Veuillez me contacter avant de commander si vous avez un autre type de données.
Pouvez-vous analyser des fichiers FASTQ bruts ?
Oui. Selon le package, je peux travailler avec des fichiers FASTQ bruts et effectuer une évaluation de la qualité et un traitement avec QIIME2 ou DADA2. Merci de fournir des informations sur votre plateforme de séquençage, vos amorces et la conception expérimentale.
Pouvez-vous analyser mes données de microbiome si je ne sais pas quelle méthode utiliser ?
Oui. Je peux examiner votre question de recherche, la conception expérimentale, les métadonnées et la structure des données pour recommander un workflow d’analyse adapté.
Vais-je recevoir le code d'analyse ?
Un code reproductible peut être fourni selon le package. Je peux fournir des scripts R et des workflows d’analyse pertinents lorsque cela est applicable.
Pouvez-vous créer des figures de qualité publication ?
Oui. Selon le package, je peux créer des figures claires et prêtes pour publication pour la diversité, la taxonomie, l’ordination, la structure communautaire et d’autres analyses appropriées.
Pouvez-vous analyser l’abondance différentielle ?
Oui, lorsque la conception expérimentale et les données le permettent. La méthode appropriée dépend du design de l’étude, du nombre d’échantillons, des métadonnées et de la question de recherche.
