Parcourir les catégories
Explorer
Fiverr Pro
Français
$
USD
Je réaliserai une analyse bioinformatique rnaseq et appel de variants
Spécialiste en bioinformatique et analyse de données, Python, BLAST, ML
Je suis étudiant en bioinformatique à NUST Islamabad avec une expérience pratique en analyse de séquences, structure de protéines, phylogénie, et traitement de données avec Python. J’aide chercheurs, ...
À propos de ce service
Vous avez des données de séquençage et pas le temps de construire le pipeline vous-même ? Je prendrai vos lectures brutes et les transformerai en résultats clairs et interprétables que votre PI ou vos collaborateurs pourront réellement utiliser.
Je suis étudiant en bioinformatique à NUST Islamabad avec une expérience pratique dans les pipelines de séquençage longue lecture (PacBio HiFi), l’appel de variants avec GATK et Clair3, la comparaison avec les jeux de données GIAB, et l’analyse de données génomiques en utilisant Python et bash. J’ai travaillé dans un laboratoire de recherche en génomique du cancer et je sais ce à quoi ressemble une sortie de qualité publication.
Ce que je peux faire pour vous :
Appel de variants avec alignement WGS via minimap2/BWA, détection de variants avec GATK HaplotypeCaller ou Clair3, filtrage et annotation VCF, benchmarking avec hap.py
Expression différentielle RNA-seq : matrice de comptage, diagrammes volcano, heatmaps, enrichment de voies
Metagénomique / pipeline QIIME2 pour amplicons 16S, diversité alpha/bêta, diagrammes PCoA, graphiques en barres taxonomiques
Visualisation génomique : captures d’écran IGV, diagrammes de couverture, figures prêtes pour publication en 300 DPI
Ce que vous m’envoyez : FASTQ, BAM, VCF, matrices de comptage ou un numéro d’accès GEO / SRA. Je gère les données Illumina, PacBio et Nanopore.
Ce que vous recevrez : fichiers de sortie propres, reproductibles
Domaine:
Autres
Expertise:
Classification
•
regroupement
•
Analyse prédictive
•
Autres
Langage de programmation:
Python
•
R
•
SQL
•
Colab
•
Java
Outils:
Jupyter Notebook
•
Autres
Technologie:
Python
•
R
•
Jupyter Notebook
•
Pandas
•
RStudio
FAQ
Traduction automatique
Je ne suis pas sûr du type d’analyse dont j’ai besoin. Pouvez-vous m’aider à le déterminer ?
A : Absolument — envoyez-moi simplement votre type de données (FASTQ, BAM, matrice de comptage, etc.) et votre question de recherche. Je vous indiquerai précisément quel package convient et à quoi ressemblera le résultat avant que vous passiez commande.
Quels fichiers dois-je vous envoyer ?
A : FASTQ, BAM, VCF ou matrices de comptage fonctionnent directement. Si vos données sont sur NCBI GEO ou SRA, envoyez-moi simplement le numéro d’accès — je le téléchargerai moi-même. Pour les gros fichiers, nous pouvons utiliser Google Drive ou un lien partagé.
Travaillez-vous avec des données Illumina, PacBio et Nanopore ?
A : Oui, pour les trois. J’ai une expérience pratique avec les données PacBio HiFi longue lecture en particulier, ainsi que les pipelines standard de lecture courte Illumina pour RNA-seq et WGS.
Pourrai-je reproduire vos résultats ?
A : Oui. Chaque commande comprend des scripts bash/Python entièrement documentés avec commentaires, afin que vous ou votre laboratoire puissiez relancer l’analyse à tout moment.
Puis-je utiliser vos figures dans mon article ou ma thèse ?
A : Oui — toutes les figures sont livrées en format PNG ou PDF à 300 DPI, prêtes pour publication dans n’importe quelle revue.
Comment vous envoyer des données confidentielles ou non publiées ?
Je traite toutes les données clients comme strictement confidentielles et ne les partage ni ne les conserve après livraison. Si vous avez besoin qu’un NDA soit signé, contactez-moi avant de passer commande.
