Je réaliserai un docking moléculaire et un criblage virtuel pour votre projet

Vous travaillez sur un projet de découverte de médicaments et avez besoin de résultats fiables et reproductibles en docking moléculaire ? Que vous soyez chercheur, doctorant ou petite équipe de biotech, je peux réaliser un workflow complet de docking et vous fournir des résultats clairs, prêts à être publiés.

J’ai une expérience pratique dans la réalisation de pipelines de conception de médicaments basée sur la structure (SBDD), y compris une étude complète de docking à 5 ligands contre la protéase principale du SARS-CoV-2 (PDB : 7SFB), ce qui me permet de savoir précisément à quoi ressemble une étude de docking rigoureuse et bien documentée.

Ce que je ferai pour vous :

- Préparer votre cible protéique (supprimer les molécules d’eau, ajouter des hydrogènes et des charges Gasteiger)

- Préparer et optimiser votre(s) ligand(s) (minimisation d’énergie, conversion de format)

- Définir le site de liaison / la grille de docking

- Réaliser le docking avec AutoDock Vina ou PyRx

- Visualiser les poses de liaison et les interactions clés dans PyMOL ou Discovery Studio

- Fournir un rapport écrit clair avec les scores de docking et l’analyse des interactions

Les livrables comprennent :

- Fichiers de sortie du docking (PDBQT / SDF)

- Visualisations de poses de liaison de haute qualité (PNG)

- Résumé écrit des résultats avec interprétation

Outils utilisés : AutoDock Vina, PyRx, PyMOL, UCSF Chimera, Discovery Studio