Parcourir les catégories
Explorer
Fiverr Pro
Français
$
USD
Je vais effectuer un docking moléculaire avec autodock vina ou quickvina gpu
Ingénieur en bioinformatique, docking moléculaire et automatisation Python
Chercheur en bioingénierie spécialisé dans le docking moléculaire, le criblage virtuel et l'automatisation en bioinformatique. J’aide les laboratoires de recherche à transformer des workflows manuels ...
À propos de ce service
Bonjour ! Je suis un chercheur en bioingénierie avec une expérience pratique dans l'exécution de pipelines de docking moléculaire à grande échelle sur des stations de travail Linux accélérées par GPU.
CE QUE VOUS OBTENEZ :
Docking professionnel avec AutoDock Vina ou QuickVina-GPU 2.1
Préparation adéquate du récepteur et du ligand (PDBQT, protonation, charges)
Scores d'affinité de liaison avec analyse détaillée
Meilleures poses de liaison classées et visualisées
Résultats propres en CSV/Excel + rapport PDF
POURQUOI ME CHOISIR :
- Workflow accéléré par GPU (10-100x plus rapide que le CPU)
- Expérience réelle en recherche : analyse de plus de 180 GB de la base de données ZINC contre des cibles médicamenteuses bactériennes
- Création de pipelines automatisés pour le criblage virtuel de produits naturels
- Scripts Python personnalisés adaptés à votre workflow
CE QUE VOUS DEVEZ M'ENVOYER :
1. Votre protéine (ID PDB ou fichier PDB)
2. Vos ligands (SMILES, SDF, MOL2 ou noms de composés)
3. Informations sur le site actif (ou je peux le détecter)
Besoin de quelque chose de personnalisé ou à grande échelle (plus de 5000 ligands) ? Contactez-moi avant de commander et je créerai un package sur mesure.
Au plaisir de collaborer avec vous !
Domaine:
Machine learning
•
Deep learning
•
Modèles génératifs
•
Autres
Langage de programmation:
Python
•
R
•
Colab
•
Autres
Outils:
Jupyter Notebook
•
tensorflow
•
Excel
•
Colab
•
Autres
FAQ
Traduction automatique
Dois-je envoyer le fichier de structure de la protéine ?
Pas nécessairement. Si vous fournissez un ID PDB, je récupérerai et préparerai la structure. Si vous avez seulement une séquence, je peux construire un modèle d'homologie ou une prédiction AlphaFold (petit coût supplémentaire via gig extras).
Quel logiciel de docking utilisez-vous ?
Principalement AutoDock Vina et QuickVina-GPU 2.1 (accéléré par GPU). Je peux aussi utiliser UniDock ou PLANTS si votre projet le nécessite.
Pouvez-vous gérer des campagnes de criblage virtuel plus importantes ?
Oui. Pour des bibliothèques plus grandes (500 à 50 000+ ligands), contactez-moi d'abord et je créerai un package personnalisé avec un tarif adapté.
Quels fichiers vais-je recevoir ?
Tous les fichiers PDBQT de sortie, fichiers log, tableaux de scores (Excel/CSV), et un rapport PDF. Les fichiers sources et scripts Python sont inclus dans les packages Standard et Premium.
Comment garantissez-vous la qualité du docking ?
Je valide la configuration en redockant des ligands connus lorsque des structures cristallines sont disponibles, j'utilise une définition correcte de la grille, et j'applique des protocoles de préparation standard (charges Gasteiger, hydrogènes polaires, torsions flexibles).
