Je réaliserai le docking moléculaire et les simulations MD pour la découverte de médicaments


À propos de ce service
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Souhaitez-vous accélérer votre processus de découverte de médicaments ou obtenir des insights structuraux approfondis sur les interactions protéine-ligand ?
Je propose des services de chimie computationnelle de haute précision et de modélisation moléculaire adaptés aux chercheurs, universitaires et startups pharmaceutiques. En utilisant des workflows validés en conception de médicaments basée sur la structure (SBDD) et sur le ligand (LBDD), je fournis des résultats reproductibles et prêts à publication.
Mes services techniques incluent :
- Docking moléculaire : Cartographie du site actif et évaluation de l’affinité de liaison avec AutoDock Vina et Material Studio.
- Criblage virtuel : Criblage à haut débit de vastes bibliothèques de ligands ou de petites molécules.
- Optimisation par chimie quantique : Optimisation géométrique et calculs électrostatiques avec Gaussian.
- Prédiction ADMET : Évaluation in silico de la pharmacocinétique et de la similarité aux médicaments (Règle des 5 de Lipinski).
- Simulations MD : Suivi dynamique sur longue période de la stabilité structurale, RMSD, RMSF, et analyse des liaisons hydrogène.
- Visualisation : Figures 3D haute résolution rendues via PyMOL.
Ce que vous recevrez :
- Tous les fichiers de données brutes (.pdb, .pdbqt, .sdf, .mol2, et logs/trajets).
- Graphismes structuraux de haute résolution, de qualité publication.
- Un rapport complet
Découvrez Ali Hamza
Molecular Docking ,Drug Discovery and Molecular Simulations Expert
- DePakistan
- Membre depuisjuin 2026
Langues
Anglais
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FAQ
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Quels fichiers ou données dois-je fournir pour démarrer le projet ?
Pour la protéine cible, j’ai besoin de l’ID PDB ou d’un fichier .pdb/.cif optimisé. Pour les ligands, vous pouvez fournir les noms chimiques, chaînes SMILES, CIDs PubChem, ou structures en formats .sdf ou .mol2. Si le site de liaison est connu, merci de partager les résidus spécifiques ou les coordonnées de la grille.
Quels outils logiciels spécialisés et cadres de calcul utilisez-vous ?
J’utilise des outils standards de l’industrie pour une reproductibilité maximale : AutoDock Vina et Material Studio pour le docking précis et le criblage virtuel ; Gaussian pour l’optimisation chimique quantique ou DFT des ligands ; et PyMOL avec Discovery Studio pour l’analyse visuelle 3D de haute résolution et l’interaction.
Les fichiers de trajectoire brute et d’analyse sont-ils inclus dans la livraison ?
Oui. Avec un rapport d’analyse écrit complet contenant des figures structurales et des graphiques de données, je fournirai tous les résultats bruts — poses dockées (.pdbqt / .pdb), topologies paramétrées, et données de simulation — pour que vous puissiez vérifier ou poursuivre le workflow localement.
Pouvez-vous réaliser des simulations de dynamique moléculaire (MD) sur de grands complexes ou systèmes personnalisés ?
Oui, je peux configurer des simulations pour des complexes protéine-ligand standards. Cependant, pour des protéines membranaires, interfaces protéine-protéine massives ou demandes de longue durée (>50 ns), veuillez me contacter d’abord afin que nous puissions estimer ensemble les besoins en paramétrage structural et en calculs.
Les graphiques structuraux et graphiques de données seront-ils adaptés pour des publications de recherche ?
Absolument. Les graphiques de visualisation moléculaire 3D générés via PyMOL sont en haute résolution, qualité DPI élevée, adaptés pour des publications dans des revues à comité de lecture, des soumissions de thèses ou des propositions de subventions académiques.

