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Je réaliserai le docking, le criblage virtuel et les simulations MD
Biologiste moléculaire, expert en simulations MD et docking moléculaire
Je suis un biologiste moléculaire spécialisé en bioinformatique structurale et en conception de médicaments assistée par ordinateur (CADD). Je propose des services d’analyse <em>in silico</em> complet...
À propos de ce service
Je propose une analyse structurale in silico et une modélisation moléculaire computationnelle en utilisant des pipelines bioinformatiques standards.
Préparation de la protéine cible et validation du site de liaison
Criblage virtuel basé sur la pharmacophore
Docking moléculaire (interactions protéine-ligand / protéine-protéine)
Simulations de dynamique moléculaire (MD) de 50 ns à plus de 100 ns
Analyse de trajectoire (RMSD, RMSF, Rg, SASA, liaisons hydrogène)
Calcul de l’énergie libre de liaison (MM/PBSA)
Je fournis toutes les données de trajectoire brutes, les fichiers CSV traités, et les fichiers de paramètres exacts (.mdp, .conf) utilisés lors des simulations. Toutes les analyses sont réalisées à l’aide de pipelines entièrement documentés et reproductibles, vous permettant de valider et de reproduire facilement les résultats pour vos publications.
Besoin d’un workflow personnalisé pour votre projet ? Chaque cible biologique a des exigences différentes, alors envoyez-moi un message avec les détails spécifiques de votre projet avant de passer commande afin que nous puissions discuter des paramètres techniques précis et des délais de livraison pour votre recherche.
FAQ
Traduction automatique
Quelles informations dois-je fournir pour démarrer le projet ?
Vous devez fournir le code PDB ou le fichier de structure cristalline (.pdb) de la protéine cible. Pour les ligands, veuillez fournir les structures chimiques en SMILES, SDF ou PDB.
Et si ma protéine cible ne possède pas de structure cristalline expérimentale ?
Je peux réaliser une modélisation par homologie (en utilisant Swiss-Model ou des outils similaires) pour prédire la structure 3D de votre protéine avant de procéder au docking ou aux simulations MD.
Fournissez-vous les fichiers de trajectoire bruts ?
Oui. Étant donné que les fichiers de trajectoire MD (.xtc, .trr) sont souvent très volumineux (Go), je les fournirai via un lien de stockage cloud sécurisé. Tous les fichiers de paramètres (.mdp) et de topologie (.top, .itp) seront également inclus pour une reproductibilité complète.
Pouvez-vous effectuer des calculs pour des résidus non standards ou des ions métalliques ?
Oui. Je peux gérer des résidus non standards et des sites actifs contenant des métaux (formes holo) en générant des topologies spécifiques et en réalisant des optimisations basées sur la DFT via ORCA si nécessaire.
Les graphiques et rendus sont-ils fournis en qualité prête à publication ?
Oui. Je fournis des rendus PyMOL haute résolution (300-600 DPI) et des graphiques de qualité publication (via Matplotlib/Seaborn). Toutes les visualisations sont formatées pour répondre aux standards des principales revues scientifiques.
Pouvez-vous gérer des simulations à long terme au-delà de 200 ns ?
Oui, je peux réaliser des simulations de l’échelle du microseconde. Cependant, comme celles-ci nécessitent des ressources informatiques importantes et du temps, veuillez me contacter d’abord pour une offre personnalisée afin que nous puissions planifier le calendrier et l’allocation des ressources en conséquence.
