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Je réaliserai une analyse DGE et de données transcriptomiques RNA-Seq avec r et deseq2
Biochimiste et analyste de données en biologie des systèmes
Je suis un scientifique en biologie et consultant en informatique, spécialisé en transcriptomique, interactions hôte-pathogène et immunologie moléculaire. Je fais le lien entre de vastes ensembles de ...
À propos de ce service
Bienvenue ! Transformez vos données de séquençage brutes en insights biologiques prêts à être publiés.
Êtes-vous un chercheur ou une startup biotech submergé par les données RNA-Seq ? Exécuter le code n’est que la moitié du travail ; comprendre les mécanismes biologiques derrière les données est ce qui permet de publier des articles et de valider des produits.
En tant que biochimiste spécialisé en biologie des systèmes et immunologie, je propose une analyse rigoureuse de l’expression différentielle des gènes (DGE). Je vais au-delà des chiffres bruts pour vous aider à identifier les gènes clés à l’augmentation ou à la diminution qui pilotent vos voies biologiques.
Ce que cette service offre (pipeline RNA-Seq) :
Selon vos besoins, je peux gérer tout depuis les lectures de séquençage brutes jusqu’à l’analyse finale des voies. (Veuillez me contacter avant de commander pour discuter de votre conception expérimentale et du nombre d’échantillons !)
- Basique (Le "Data Wrangler") : Vous fournissez les fichiers FASTQ bruts. Je réaliserai le contrôle qualité (FastQC), le trimming, l’alignement (HISAT2/Bowtie2) et la quantification (featureCounts). Livrable : une matrice de comptage brute propre et structurée prête pour votre analyse en aval.
- Standard (Le "DGE & Visualisation") : Vous fournissez la matrice de comptage (ou la combinez avec le package Basique).
Technologie:
Excel
•
MATLAB
•
RStudio
Expertise:
Conception expérimentale
Langage de programmation:
Python
•
R
Mon portfolio
FAQ
Traduction automatique
Dois-je fournir des fichiers FASTQ ou une matrice de comptage ?
Je peux travailler avec l’un ou l’autre ! Si vous avez des fichiers FASTQ bruts, commencez avec le package Basique pour obtenir vos comptages. Si vous avez déjà une matrice de comptage et que vous avez juste besoin de l’analyse DESeq2 et des graphiques, le package Standard est exactement ce qu’il vous faut.
Combien d’échantillons le prix de la service couvre-t-il ?
Les prix indiqués sont des bases pour des projets pilotes de petite à moyenne taille (jusqu’à 6 échantillons, par exemple 3 témoins contre 3 traités). Si vous avez une cohorte plus grande ou plusieurs conditions expérimentales, veuillez me contacter pour une offre personnalisée.
Que signifie "Interprétation biologique" dans le package Premium ?
La plupart des freelances vous donnent simplement une feuille Excel avec 5000 gènes. Avec mon expérience en biochimie et biologie moléculaire, je cartographie ces gènes aux voies biologiques (KEGG/GO) et je fournis un résumé écrit expliquant les processus biologiques (par exemple, réponses immunitaires spécifiques ou changements métaboliques).
De quelles informations avez-vous besoin de ma part pour commencer ?
J’aurai besoin de : 1. Vos données (fichiers FASTQ ou matrice de comptage). 2. Votre fichier de métadonnées définissant clairement vos groupes d’échantillons (par exemple, sauvage contre knockout). 3. Le génome de référence ou le fichier d’annotation approprié (GTF/GFF).
