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Je vais effectuer la QC, le trimming et l'alignement des données NGS avec galaxy
Chercheur en MPhil, expert en bioinformatique et découverte de médicaments
Chercheur en MPhil spécialisé en bioinformatique et nanobiotechnologie.
Je fais le lien entre la découverte de médicaments par informatique et la synthèse en laboratoire. Avec une expertise en dockin...
À propos de ce service
Vous avez besoin d’aide pour traiter vos données de séquençage NGS brutes ? Je propose un contrôle de qualité fiable, le trimming et l’alignement en utilisant la plateforme Galaxy afin que vous obteniez des données propres et prêtes à l’analyse sans avoir à apprendre le pipeline vous-même.
Ce que je peux faire :
Récupérer les données de séquençage depuis NCBI/SRA (fasterq-dump)
Exécuter FastQC pour l’évaluation de la qualité
Trimmer et nettoyer les lectures (Trimmomatic)
Aligner les lectures sur un génome de référence (Bowtie2, HISAT2)
Fournir un résumé clair des résultats
Je travaille également avec plusieurs autres outils Galaxy au-delà de ceux-ci si votre projet nécessite quelque chose de spécifique, envoyez-moi un message d’abord et je confirmerai si je peux aider.
Je suis encore en début de parcours en freelance avec une expérience pratique en QC, trimming et alignement NGS, ce qui constitue une excellente option pour des projets simples à un prix abordable.
Note : Idéal pour des jeux de données de petite à moyenne taille (par exemple, séquençage ciblé, petites expériences RNA-seq). Pour des jeux de données très volumineux, veuillez me contacter d’abord pour confirmer la faisabilité.
Envoyez-moi les détails de votre dataset (organisme, type de séquençage, taille du fichier) avant de commander, et je vous confirmerai le délai de traitement.
Mon portfolio
FAQ
Traduction automatique
Dans quel format dois-je envoyer mes données ?
Fichiers FASTQ, ou un numéro d’accès SRA si vos données sont accessibles publiquement sur NCBI.
Quelle taille de dataset pouvez-vous traiter ?
Je travaille principalement avec des datasets de petite à moyenne taille (par exemple, séquençage ciblé, petites RNA-seq). Pour des datasets plus volumineux, veuillez me contacter d’abord pour que je puisse confirmer la faisabilité compte tenu des limites de stockage du serveur Galaxy.
Fournissez-vous des fichiers de sortie bruts ou un rapport résumé ?
Vous recevrez les deux — les fichiers de sortie traités ainsi qu’un résumé clair expliquant les métriques de qualité et tout problème détecté.
Et si mes données nécessitent un outil non listé dans votre gig ?
Envoyez-moi un message avec les détails avant de commander — je travaille avec plusieurs autres outils Galaxy et je peux confirmer si je peux aider.
Pouvez-vous aider à interpréter les résultats, pas seulement à les générer ?
Oui, je peux inclure une brève explication de ce que signifient les résultats de la QC/alignement pour votre dataset spécifique.
