Je vais faire de la bioinformatique, de la génomique, de la protéomique et de l'évolution

Vous avez du mal à utiliser les données de séquençage brut pour en tirer une signification biologique ?

Fort d’une expérience en tant que bioinformaticien, je peux vous proposer toutes les analyses de données bioinformatiques nécessaires pour vos recherches, de manière complète et prête à publication. Que vous soyez un scientifique académique, une start-up biotech ou un professionnel de la santé, je travaillerai avec vos données avec la plus grande précision, en utilisant des pipelines standards de l’industrie et des outils à la pointe de la technologie.

Ce que je propose :

Analyse de séquençage de nouvelle génération (NGS) : RNA-Seq en masse, RNA-Seq single-cell (scRNA-Seq), analyse de l’expression différentielle des gènes (DGE).

Génomique - DNA-Seq, appel de variants (SNPs/Indels) et assemblage du génome.

Epigenomique - analyse ChIP-Seq et ATAC-Seq.

Microbiome & métagénomique : profilage taxonomique, annotations fonctionnelles, séquençage 16S rRNA.

Visualisation avancée des données : graphiques de haute résolution, qualité publication (volcano plot, heatmap, PCA, réseau d’enrichissement de voies/GO, graphiques TSNE/UMAP).

Analyse spécialisée avec R (Bioconductor), Python : scripts et pipelines personnalisés.

Les outils que j’utilise :

Alignement et contrôle qualité des données : FastQC, Trimmomatic, STAR, HISAT2, BWA, SAMtools.

Quantification et DGE : DESeq2, EdgeR, K