Je vais effectuer l'assemblage du génome de chloroplaste et l'analyse comparative

À propos de cette service

Vous cherchez un bioinformaticien professionnel pour gérer vos données de génomique végétale ? Je me spécialise dans l'assemblage du génome de chloroplaste (plastome) et une analyse génomique comparative complète. Je fournis des résultats prêts à publication avec des figures haute résolution adaptées aux revues SCI.

Ce que je propose dans cette service :

1. Assemblage et annotation du génome

• Assemblage de novo : Assemblage de génome circulaire de haute qualité à partir de lectures brutes Illumina, PacBio ou Nanopore en utilisant GetOrganelle ou NOVOPlasty.
• Annotation précise : Prédiction de gènes (CDS, rRNA, tRNA) avec GeSeq/PGA et curation manuelle pour garantir la précision.

2. Analyse comparative du génome

• Analyse des frontières IR : Contraction et expansion des répétitions inversées (sites de jonction).
• Identification des répétitions : SSRs (répétitions de séquences simples) et longues répétitions.
• Diversité nucléotidique : Analyse par fenêtre glissante pour repérer les régions très divergentes (Pi).
• Pression de sélection : Calcul des ratios Ka/Ks pour les gènes codant pour des protéines.

3. phylogénie et visualisation

• arbres phylogénétiques : Construction d'arbres maximum de vraisemblance (ML) ou bayésiens (BI) avec IQ-TREE ou MrBayes.
• Figures professionnelles : Cartes circulaires haute résolution (OGDRAW), diagrammes de syntenie et visualisations d'alignement comparatif.