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Je vais analyser la transcriptomique single cell rna seq et multiomics
Bioinformatique, Rédaction Scientifique et Analyse de Données
Je suis biologiste et doctorant avec une expérience en biologie moléculaire, bioinformatique, analyse de données, R&D en biotechnologie, rédaction scientifique et soutien à la recherche. J’aide les ch...
À propos de ce service
J’aide les chercheurs, étudiants et équipes biotech à analyser les données de transcriptomique, RNA-seq single-cell et multi-omics avec des résultats clairs, reproductibles et biologiquement significatifs.
Je peux travailler avec des données de bulk RNA-seq, RNA-seq single-cell, matrices d’expression génique, datasets GEO, tableaux de protéomique traités, et autres datasets biologiques nécessitant une analyse de l’expression différentielle, du clustering, des gènes marqueurs, de l’enrichissement de voies ou de la découverte de biomarqueurs.
Selon votre projet, je peux fournir des résumés QC, PCA, UMAP, clustering, diagrammes en volcan, heatmaps, analyse de l’expression différentielle, enrichissement GO/KEGG, gènes candidats, interprétation biologique, code reproductible en R/Python, et un rapport structuré.
Mon parcours en tant que biologiste et doctorant me permet de relier les résultats computationnels à un contexte biologique réel, pas seulement de fournir des graphiques ou tableaux.
Pour les fichiers FASTQ bruts, grands datasets single-cell ou projets multi-omics complexes, veuillez me contacter avant de commander afin que je puisse examiner le type de données, la conception expérimentale et la faisabilité.
Domaine:
Autres
Expertise:
Autres
Langage de programmation:
Python
•
R
Outils:
Autres
Technologie:
Python
•
R
•
Jupyter Notebook
•
RStudio
Modélisation et méthodes:
Autres
Autres services de Data science et machine learning I Offre
FAQ
Traduction automatique
Quel type de données omics pouvez-vous analyser ?
Je peux travailler avec des données de bulk RNA-seq, RNA-seq single-cell, matrices d’expression génique, datasets GEO, tableaux de protéomique traités et autres datasets biologiques, en fonction du format et de l’objectif.
Analysez-vous les fichiers FASTQ bruts ?
L’analyse des FASTQ bruts est disponible uniquement après discussion, car elle dépend de la taille des fichiers, du nombre d’échantillons, des besoins en contrôle qualité et du pipeline requis. Veuillez me contacter d’abord.
Pouvez-vous travailler avec des datasets publics de GEO ?
Oui. Je peux aider à analyser des datasets publics de GEO ou de dépôts similaires si les données sont disponibles, bien annotées et adaptées à l’analyse demandée.
Analysez-vous les données de RNA-seq single-cell ?
Oui. Je peux travailler avec des données de RNA-seq single-cell en utilisant Seurat ou Scanpy, y compris QC, clustering, UMAP, gènes marqueurs et interprétation biologique.
Pouvez-vous analyser des données de protéomique ?
Oui, si vous fournissez des tableaux de quantification de protéines traités, des tableaux d’intensité LFQ ou des résultats de protéomique normalisés. Les fichiers de spectrométrie de masse bruts ne sont pas inclus dans le package standard.
Pouvez-vous garantir des gènes ou biomarqueurs significatifs ?
Non. Les résultats dépendent de la taille de l’échantillon, de la qualité des données, de la conception expérimentale et du signal biologique. Je fournis une analyse rigoureuse, mais je ne peux pas garantir de résultats spécifiques.
De quoi avez-vous besoin pour commencer ?
J’ai besoin de votre dataset, métadonnées ou informations sur l’échantillon, étiquettes de groupe, question de recherche, résultats attendus et tout outil ou format préféré.
Fournissez-vous du code ?
Oui. Selon le package, je peux fournir du code reproductible en R ou Python, des scripts ou un notebook avec le workflow d’analyse.
Dois-je vous contacter avant de commander ?
Oui. Les projets de bioinformatique varient beaucoup, il est donc préférable de revoir votre type de données, la conception et les livrables attendus avant de commencer.
