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Je vais effectuer un docking moléculaire, une analyse ADMET pour la découverte de médicaments
Bioinformatique, Rédaction Scientifique et Analyse de Données
Je suis biologiste et doctorant avec une expérience en biologie moléculaire, bioinformatique, analyse de données, R&D en biotechnologie, rédaction scientifique et soutien à la recherche. J’aide les ch...
À propos de ce service
J’aide les chercheurs, étudiants et équipes en biotechnologie à évaluer les interactions protéine-ligand et à prioriser les composés pour la phase précoce de découverte de médicaments en utilisant le docking moléculaire, la prédiction ADMET et l’interprétation scientifique.
Je peux assister dans la préparation des protéines et ligands, l’analyse de docking, la comparaison d’affinité de liaison, la visualisation des interactions en 2D/3D, l’évaluation ADMET et de la similarité médicamenteuse, le classement des composés, ainsi qu’un rapport technique clair.
Ce service est utile pour les études cible-ligand, la priorisation des composés, le criblage virtuel, les projets de recherche appuyés par la littérature, et l’analyse préliminaire de découverte de médicaments.
Mon parcours en biologie moléculaire, pharmacologie, nanotechnologie et recherche biomédicale me permet d’apporter plus que des scores de docking. Je peux aider à expliquer la pertinence biologique, les limites et les étapes suivantes.
Veuillez me contacter avant de commander, notamment pour plusieurs cibles, de grandes bibliothèques de composés, des demandes de dynamique moléculaire ou des systèmes protéiques complexes.
Technologie:
Excel
•
Google Sheets
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Jupyter Notebook
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MATLAB
•
Pandas
Expertise:
Statistiques
•
Autres
Langage de programmation:
Python
•
R
FAQ
Traduction automatique
De quoi avez-vous besoin pour commencer ?
J’ai besoin du nom de la cible protéique ou de l’ID PDB, des structures de ligand ou des noms de composés, ainsi qu’une brève description de votre objectif de projet.
Pouvez-vous aider à trouver la structure de la protéine ?
Oui. Si vous ne disposez pas d’un fichier de structure, je peux vous aider à identifier une structure PDB appropriée lorsque disponible.
Avec quels formats de ligand travaillez-vous ?
Je peux travailler avec des formats courants tels que SDF, MOL2, PDB, SMILES ou noms de composés, selon le projet.
Proposez-vous une analyse ADMET ?
Oui. Je peux inclure la prédiction ADMET, l’évaluation de la similarité médicamenteuse et la priorisation des composés selon le package choisi.
Réalisez-vous des simulations de dynamique moléculaire ?
La dynamique moléculaire n’est pas incluse dans le package standard. Cela nécessite une discussion séparée car cela dépend de la complexité du système et des ressources informatiques.
Le docking peut-il prouver qu’un composé fonctionne ?
Non. Le docking moléculaire est une méthode exploratoire informatique. Il peut aider à prioriser les composés, mais une validation expérimentale est toujours nécessaire.
Fournissez-vous des figures pour des rapports ou présentations ?
Oui. Je peux fournir des figures d’interactions en 2D/3D, des tableaux de classement et des résumés visuels selon le package.
Pouvez-vous inclure une interprétation biologique ?
Oui. Je peux expliquer la pertinence biologique de la cible, des interactions et du classement des composés basé sur les données disponibles et la littérature.
Dois-je vous contacter avant de commander ?
Oui. Les projets de docking varient selon la protéine, les ligands et l’objectif, il est donc préférable de revoir le projet avant de commencer.
