Je vais effectuer une analyse différentielle d'expression RNA seq en r avec deseq2

Je suis un biologiste computationnel avec un MSc en biochimie médicale et une expérience de recherche à A*STAR Singapour. Je réalise des analyses RNA-seq pour des chercheurs qui ont les données et ont besoin d'aide pour les interpréter.

CE QUE VOUS OBTENEZ

- Analyse différentielle avec DESeq2, correctement adaptée à votre conception

- Figures prêtes pour publication à 300 dpi, en PNG et PDF

- Un tableau de résultats que vous pouvez intégrer directement dans un fichier supplémentaire

- Le script d’analyse, annoté, pour que vous ou votre laboratoire puissiez le relancer

- Une interprétation écrite, y compris ce que les données NE SUPPORTENT PAS

POURQUOI CE DERNIER POINT EST IMPORTANT

Les évaluateurs demandent pourquoi vous avez filtré à un seuil donné, si vous avez ajusté pour le batch, et pourquoi un échantillon a été exclu. Tout ce que je fournis est documenté pour que vous puissiez répondre à ces questions.

VOIR L'EXEMPLE STANDARD AVANT D'ACHETER

Une analyse complète que j’ai réalisée, avec code, figures et précautions, est publique :

github.com/kND-17/hgsoc-origin-rnaseq

CE QUE J'AI BESOIN DE VOUS

Votre matrice de comptages (ou fichiers FASTQ), une fiche de métadonnées d’échantillon, et une phrase sur ce que vous souhaitez découvrir. Contactez-moi avant de commander si vous n’êtes pas sûr du package adapté, je vous dirai honnêtement.