J'analyserai vos données de méthylation de l'ADN et d'épigénétique

J’analyse les données d’épigénétique : méthylation de l’ADN (puces ou séquençage bisulfite/enzyme), ChIP-seq et ATAC-seq, et je les transforme en résultats que vous pouvez interpréter et intégrer dans un article.

Pour les données de méthylation, je travaille à la fois avec des données issues de puces (Illumina 450k/EPIC) et avec des données de séquençage (WGBS, RRBS, EM-seq), car la méthode d’analyse diffère sensiblement entre les deux. Je vous indiquerai laquelle est pertinente pour votre type de données. Cela inclut généralement le contrôle de qualité, la normalisation, l’analyse de méthylation différentielle entre groupes, et l’annotation des régions significatives aux gènes ou aux caractéristiques du génome.

Pour ChIP-seq et ATAC-seq, le processus couvre l’alignement des lectures, l’appel de pics, et l’analyse de l’accessibilité ou de la liaison différentielle, avec visualisation des tracés de signal et l’annotation des pics.

Dans tous les cas, le résultat doit être compréhensible : des graphiques clairs, un résumé de ce à quoi correspondent réellement biologiquement les régions ou pics significatifs, et une documentation suffisante de la méthode pour qu’elle puisse directement intégrer la section méthodes.

Contactez-moi avec votre type de données et la conception de votre étude avant de commander, afin que je puisse confirmer la portée et vous fournir un devis précis.