Je vais concevoir un pipeline bioinformatique reproductible avec nextflow

Je conçois des pipelines bioinformatiques avec Nextflow, soit en adaptant une analyse que vous exécutez déjà manuellement, soit en en créant une de zéro si vous partez simplement d’un ensemble d’outils et d’un objectif.

Nextflow est généralement le bon choix pour la plupart des laboratoires : il gère la parallélisation et la reprise des exécutions échouées sans configuration supplémentaire, et il fonctionne de la même manière en local, sur un cluster ou dans le cloud, ce qui évite de devoir reconstruire le pipeline si votre situation de calcul change par la suite.

Si vous avez déjà un workflow, je le restructurerai en processus définis avec des entrées et sorties claires à chaque étape, et un environnement Conda ou un conteneur par processus pour que les versions des outils soient fixes et que les résultats soient reproductibles. Si vous partez de zéro, nous définirons ensemble les étapes en fonction de votre type de données et de vos objectifs d’analyse avant que je ne construise quoi que ce soit.

Je rédigerai la documentation pour l’utiliser, en supposant que la personne qui exécute le pipeline n’est pas bioinformaticien et ne connaît peut-être pas du tout Nextflow. Cela inclut des instructions d’installation en langage simple, ce que chaque paramètre contrôle réellement (pas seulement son nom), à quoi ressemble une exécution réussie, et comment gérer les messages d’erreur les plus courants.