Je ferai de la modélisation protéique pour l'amarrage et la dynamique

La sélection et la préparation de la structure 3D de la protéine cible sont la clé du succès d’une expérience d’amarrage moléculaire et/ou de simulation de dynamique moléculaire.

Je peux fournir les services suivants :

1. Sélectionnez la ou les protéines cibles grâce à une recherche documentaire.
2. Affiner la structure 3D (lorsqu'un fichier PDB ou un ID PDB est fourni)
3. Modélisation d'homologie Swiss-Model à partir de la séquence FASTA ou UniProt ID
4. Modélisation d'homologie du modélisateur
5. I-TASSER pour la modélisation ab initio

## Les structures 3D dérivées expérimentalement sont disponibles dans différentes bases de données, telles que

1. BPD RCSB
2. EBI
3. PDBJ
4. SOMMEPDBS

## Des structures de haute qualité dérivées par ordinateur peuvent également être trouvées sur

ALPHAFOLD

## Lorsque les structures 3D ne sont pas disponibles dans les sources ci-dessus, nous pouvons préparer des structures en utilisant la modélisation d'homologie de swissmodel. Cependant, nous avons besoin de la séquence d’acides aminés (FASTA) de la protéine cible. Habituellement, nous récupérons la séquence de la base de données UniProt. Dans ce cas, nous devrions avoir l’ID UniProt de la protéine cible.