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Je réaliserai une analyse bioinformatique des données de séquençage
Analyste en bioinformatique et coordinateur en recherche clinique
Je suis diplômé en bioinformatique avec un master, professionnel de la santé, et coordinateur en recherche clinique spécialisé dans les maladies infectieuses et la recherche sur le microbiome. Je sout...
À propos de ce service
Je fournis un support pratique, reproductible en bioinformatique pour les projets de recherche en séquençage et microbiome.
Je peux aider avec l’organisation des métadonnées, la vérification des échantillons et des identifiants de run, le contrôle de qualité FASTQ, le trimming d’adaptateurs et de qualité, les rapports MultiQC, la suppression des lectures hôtes, le profilage taxonomique, l’analyse exploratoire, et des rapports clairs prêts pour la recherche.
Vous recevrez des résultats structurés adaptés à votre projet, tels que des fichiers de métadonnées nettoyés, des rapports QC, des tableaux récapitulatifs, des figures, et des notebooks ou scripts reproductibles si inclus dans votre package.
Je travaille avec des fichiers Excel/CSV/TSV et des données de séquençage, en utilisant Python, R, Linux, FastQC, MultiQC, fastp, KneadData, Bowtie2, et MetaPhlAn.
Veuillez fournir uniquement des données anonymisées. Ce service est destiné à des fins de recherche et d’éducation et ne fournit pas de diagnostic clinique ni d’interprétation médicale.
Pour de grands ensembles de données, des workflows personnalisés ou des questions de recherche spécifiques, veuillez me contacter avant de commander afin que nous puissions confirmer la portée et les livrables.
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FAQ
Traduction automatique
Avec quelles données pouvez-vous travailler ?
Je peux travailler avec des fichiers de métadonnées anonymisées Excel, CSV, TSV, FASTQ, et de séquençage. Veuillez me contacter d’abord pour BAM, VCF ou autres formats.
Que vais-je recevoir ?
Selon le package, vous pouvez recevoir des métadonnées nettoyées, des rapports QC FASTQ, des résumés MultiQC, des lectures trimées, des tableaux taxonomiques, des figures, des rapports, et du code reproductible.
Traitez-vous des fichiers FASTQ appariés ?
Oui. Je peux effectuer un contrôle de qualité et un trimming conservateur pour des données de séquençage appariées ou simples. Veuillez partager le nombre de fichiers et la taille totale compressée avant de commander.
Pouvez-vous analyser des données de microbiome ?
Oui. Je supporte les workflows de recherche en microbiome et métagénomique, y compris l’organisation des métadonnées, le QC, le prétraitement, le profilage taxonomique, et l’analyse exploratoire.
Fournissez-vous une interprétation clinique ou un diagnostic ?
Non. Ce service est uniquement destiné à la recherche et à l’éducation. Je ne fournis pas de diagnostic clinique, de recommandations de traitement ou d’interprétation médicale.
Comment dois-je partager mes données ?
Veuillez fournir uniquement des fichiers anonymisés. Pour de grands ensembles de données de séquençage, contactez-moi avant de commander pour convenir d’un mode de transfert sécurisé et de la portée du projet.
Pouvez-vous travailler sur des projets volumineux ou personnalisés ?
Oui. Les grands ensembles de données, les études complexes et les workflows personnalisés nécessitent une offre sur mesure. Veuillez m’envoyer un message avec votre question de recherche, types de fichiers, nombre d’échantillons, et taille totale des fichiers.
