Je réaliserai une analyse rnaseq NGS depuis les lectures brutes jusqu'à l'expression différentielle

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Farah Saleem

Pakistan

Je parle Ourdou, Anglais

2 commandes terminées

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Je suis bioinformaticien, chercheur et rédacteur académique avec une expertise avancée en Python, C, C++ et développement front-end (HTML, CSS, JavaScript, Bootstrap). Mon solide parcours en science d...
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À propos de ce service

Je propose une analyse complète de RNA-seq et NGS, allant des lectures de séquençage brutes aux résultats d’expression différentielle et aux visualisations prêtes à publier.

Ce que je fournis :

  • Contrôle de qualité et trimming des lectures (FastQC, fastp)
  • Alignement/quantification (Salmon)
  • Analyse d’expression différentielle (DESeq2 dans R)
  • Visualisations : graphiques volcano, PCA, heatmaps
  • Analyse de voie/enrichissement (GO/KEGG) Pack premium
  • Modélisation prédictive basée sur ML avec données d’expression Pack premium

Outils : Python, R, Salmon, DESeq2, tximport, ggplot2

Que vous ayez besoin de l’ensemble du pipeline ou simplement d’aide pour une étape, par exemple, si vous avez déjà une matrice de comptes et que vous souhaitez uniquement faire l’expression différentielle et les graphiques, je peux commencer là où se trouvent vos données actuellement.

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do rnaseq ngs analysis from raw reads to differential expression
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