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J'analyserai vos données de séquençage RNA à cellule unique et fournirai des insights personnalisés
Coder l’avenir de la biologie
Genyx LLC est une entreprise de biotechnologie, de bioinformatique et de logiciels basés sur l’IA, développant des solutions de nouvelle génération pour la génomique, la santé et les sciences de la vi...
À propos de ce service
Je propose une analyse personnalisée de RNA-seq à cellule unique adaptée à votre jeu de données et à vos objectifs de recherche. Chaque projet est ajusté à la question biologique, en utilisant des workflows reproductibles en R ou Python (Seurat, Scanpy, etc.) pour fournir des résultats de haute qualité et interprétables.
Les services incluent :
- Contrôle de qualité et filtrage
- Normalisation, mise à l’échelle et réduction de dimension (PCA, UMAP/t-SNE)
- Clustering et identification de gènes marqueurs
- Annotation de type cellulaire et enrichment de voies en option
- Génération de visualisations prêtes à publier et de rapports synthétiques
Avec plus de quatre ans d’expérience en bioinformatique et dans plusieurs disciplines omiques, je m’assure que chaque analyse soit robuste, transparente et biologiquement significative. Veuillez me contacter avant de commander pour discuter de vos données et de vos objectifs d’analyse.
Mon portfolio
FAQ
Traduction automatique
Quel type de données puis-je fournir ?
Vous pouvez fournir soit des fichiers FASTQ bruts (pour traitement avec Cell Ranger ou équivalent) soit des matrices de comptage traitées (par exemple, .mtx, .h5 ou .csv). J’adapterai le workflow en fonction du type de données et de vos objectifs de projet.
Réalisez-vous le traitement des données brutes (FASTQ vers matrice de comptage) ?
Oui. Cette étape peut être ajoutée en tant que service supplémentaire et inclut l’alignement des lectures, le comptage des UMI, et la génération de la matrice d’expression adaptée à l’analyse en aval.
Quels outils utilisez-vous pour l’analyse ?
J’utilise principalement Seurat, Scanpy, Monocle3 et Cell Ranger, ainsi que des packages R et Python standards pour la visualisation et l’enrichissement.
Pouvez-vous intégrer plusieurs échantillons ou lots ?
Oui. La correction de lot et l’intégration multi-échantillons peuvent être ajoutées en option. J’utilise Seurat v4, Harmony ou Scanorama selon les caractéristiques du jeu de données
Comment discutons-nous de la question biologique ou du plan d’analyse ?
Avant de commencer, nous échangerons quelques messages pour définir vos principaux objectifs et les détails de vos données. Je confirmerai ensuite le meilleur package ou proposerai une offre personnalisée si nécessaire.
