Je réaliserai des analyses d'amarrage moléculaire et d'interaction protéine-ligand
Bioinformaticien et biologiste computationnel
À propos de ce service
Vous recherchez des services précis de docking moléculaire et de découverte de médicaments par calcul pour votre recherche ou publication ? Je propose un criblage virtuel basé sur la structure, des calculs d’affinité de liaison, et un profilage des interactions en 2D/3D.
Services proposés dans cette offre :
- Préparation de la cible : nettoyage du PDB, suppression de l’eau/des hétéroatomes, et attribution de l’état de protonation.
- Préparation du ligand : optimisation de la structure, génération de conformations 3D, et minimisation de l’énergie.
- Docking moléculaire : optimisation de la grille et calcul de la pose de liaison avec AutoDock Vina.
- Analyse des interactions : cartographie des interactions en haute résolution en 2D (LigPlot+) et 3D (PyMOL) montrant les liaisons H et contacts hydrophobes.
- Propriétés de type médicament : évaluation ADME-Tox et règle des 5 de Lipinski avec SwissADME.
Pourquoi choisir mon service ?
- Solide formation en bioinformatique et biologie computationnelle
- Figures prêtes à publication, haute résolution (300+ DPI)
- Données brutes complètes fournies (.pdbqt, logs, poses de sortie)
- Rapidité d’exécution et communication réactive
Veuillez m’envoyer votre PDB ID de la cible et vos structures de ligand (SMILES/SDF/PDB) pour discuter de votre projet avant de passer commande.
FAQ
Traduction automatique
Quels fichiers ou données dois-je fournir pour commencer ?
Vous devez simplement fournir le PDB ID de la protéine cible (ou le fichier de structure) et vos structures de ligand (SMILES, CID PubChem, SDF ou PDB).
Quels outils de docking et de visualisation utilisez-vous ?
J’utilise principalement AutoDock Vina pour le docking moléculaire, PyMOL et Discovery Studio pour les diagrammes d’interactions 3D, et LigPlot+ / SwissADME pour les cartes 2D et la propriété médicament-like.
Fournirez-vous les fichiers de sortie bruts et de configuration ?
Oui, chaque package inclut tous les fichiers de sortie bruts (.pdbqt, logs de docking, affinités de liaison, poses de sortie).
Pouvez-vous gérer un criblage batch personnalisé pour plusieurs composés ?
Oui. Si vous avez une bibliothèque de composés personnalisée (de 10 à plus de 500 molécules), contactez-moi directement pour recevoir une offre sur mesure.
