Parcourir les catégories
Explorer
Fiverr Pro
Français
$
USD
Je vais analyser les données NGS et construire des pipelines bioinformatiques reproductibles
Je fais en sorte que les données révèlent des idées
Je suis un ingénieur en apprentissage automatique expérimenté avec une expertise en bioinformatique. Je me spécialise dans le développement et le déploiement de modèles basés sur des données génomique...
À propos de ce service
Besoin d’une analyse fiable de vos données de séquençage NGS ou d’un workflow bioinformatique reproductible ?
Je propose une analyse complète bioinformatique et de données NGS, depuis les données brutes de séquençage jusqu’à des résultats clairs et interprétables. Je peux également développer des pipelines réutilisables et conteneurisés pour des laboratoires de recherche, des scientifiques et des projets biotech.
L’analyse NGS comprend :
- RNA-seq en masse et expression différentielle des gènes
- WGS, WES et séquençage ciblé de l’ADN
- Appel de variants, filtrage et annotation
- Analyse 16S rRNA et microbiome
- Traitement de FASTQ, BAM et VCF
- Contrôle de qualité avec FastQC et MultiQC
- Analyse statistique et visualisation des données
- Analyse fonctionnelle et des voies biologiques
Développement de pipelines reproductibles :
- Workflows Nextflow ou Snakemake
- Support Docker et Singularity/Apptainer
- Environnements Conda/Bioconda
- Pipelines modulaires et configurables
- Conception de workflows adaptés au HPC et au cloud
- Tests et documentation
Je travaille avec Python, R et Bash ainsi qu’avec des outils bioinformatiques couramment utilisés tels que GATK, BWA, STAR, Salmon, DESeq2, Bioconductor et QIIME2.
Vous recevrez des résultats documentés, des visualisations, le code et une analyse reproductible adaptée à votre question de recherche.
N’hésitez pas à me contacter avant de commander pour discuter de vos données, de la conception de votre étude et
FAQ
Traduction automatique
Quels types de données NGS pouvez-vous analyser ?
Je peux analyser des données RNA-seq en masse, WGS, WES, séquençage ciblé de l’ADN et données 16S rRNA/microbiome. Selon votre projet, je peux travailler avec FASTQ, BAM, VCF, matrices de comptage et autres formats bioinformatiques standards.
Pouvez-vous analyser des fichiers FASTQ bruts de A à Z ?
Oui. Je peux réaliser une analyse NGS complète comprenant contrôle de qualité, prétraitement, alignement ou quantification, analyse statistique, visualisation et interprétation en aval, selon le type de séquençage et la question de recherche.
Proposez-vous une analyse d’expression différentielle en RNA-seq ?
Oui. L’analyse RNA-seq en masse peut inclure le contrôle de qualité, l’alignement ou la quantification des transcripts, la génération de comptes, l’expression différentielle avec des outils comme DESeq2, PCA, heatmaps, volcano plots et l’analyse fonctionnelle ou des voies biologiques.
Pouvez-vous analyser des données WGS et WES ?
Oui. Les projets WGS, WES et ciblés de l’ADN peuvent inclure contrôle de qualité FASTQ, alignement, traitement BAM, appel de variants, filtrage et annotation de variants. Ce service est destiné à la recherche et à la bioinformatique, pas au diagnostic médical.
Pouvez-vous construire un pipeline bioinformatique réutilisable ?
Oui. Je peux développer des pipelines NGS reproductibles utilisant Nextflow ou Snakemake avec des entrées configurables, des étapes de workflow modulaires, de la documentation et une gestion des dépendances pour que l’analyse puisse être répétée sur de futurs jeux de données.
Vos pipelines supportent-ils Docker et Singularity/Apptainer ?
Oui. Les pipelines peuvent être conteneurisés avec Docker et configurés pour Singularity/Apptainer, ce qui les rend adaptés à une exécution reproductible sur systèmes locaux, serveurs et environnements HPC compatibles.
Quels résultats vais-je recevoir ?
Selon votre projet, les livrables peuvent inclure des rapports QC, des données traitées, des résultats statistiques, des tableaux, des figures, des variants annotés, des résultats d’expression différentielle, une analyse des voies, des scripts, de la documentation et le code source du pipeline.
