Je développerai des pipelines omiques reproductibles

Pipelines RNA-Seq, DNA-Seq et Ribo-Seq reproductibles

Travaillez-vous avec des données RNA-Seq, DNA-Seq ou Ribo-Seq et avez-vous besoin de workflows d’analyse robustes et reproductibles ?

Je vais construire des pipelines omiques personnalisés en utilisant Snakemake ou Nextflow, conçus pour la scalabilité, la clarté et la reproductibilité.

Mes pipelines suivent les meilleures pratiques en bioinformatique, sont modulaires, bien documentés et contrôlés par environnement (Conda ou virtualenv). Que vous traitiez un seul échantillon ou un lot expérimental complet, je vous aiderai à automatiser le QC, l’alignement, la quantification et l’analyse différentielle avec la possibilité d’intégrer des outils et visualisations en aval.

Ce service inclut des workflows d’analyse RNA-Seq entièrement automatisés utilisant des outils comme STAR, HISAT2 et DESeq2, du fichier FASTQ brut jusqu’à l’expression différentielle finale et la visualisation.

• Workflows pour un ou plusieurs échantillons
• Règles et paramètres configurables
• Structure de sortie claire et documentation
• Compatible avec une exécution locale ou HPC
• Sorties prêtes pour ML et hooks d’enrichissement en option

Optimisez votre analyse omique et assurez qu’elle soit prête à publication, reproductible et durable.

Contactez-moi pour discuter de votre projet avant de passer commande.