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Je vais exécuter toute simulation de dynamique moléculaire GROMACS et analyse de trajectoire
Entamez un voyage de créativité et de précision avec des Experts
Je suis Jalal Khan Utman, chercheur en MS en biotechnologie (PAF-IAST) qui travaille à la fois en découverte de médicaments computationnelle (AutoDock Vina, GROMACS avec CHARMM36m, PyMOL, HPC Linux/SL...
À propos de ce service
Besoin de simulations de dynamique moléculaire (MD) de niveau publication dans GROMACS ? Je configure, exécute et analyse des systèmes biomoléculaires en utilisant des clusters HPC accélérés par GPU.
SYSTÈMES COUVERTS :
- Complexes protéine-ligand (petites molécules, composés naturels)
- Apo-protéines et stabilité comparative entre sauvage et mutant
- Complexes protéine-protéine et peptide-récepteur
- Protéines membranaires (insertion dans la bicouche lipidique et solvatation)
- Interactions nanoparticule-biomolécule
FLUIDES DE TRAVAIL ET CHAMPS DE FORCE :
- Paramétrage via CHARMM36m/CGenFF, AMBER/GAFF2 et OPLS-AA
- Exécutions en production accélérées par GPU gérées via Linux/SLURM
- Solvatation, neutralisation, minimisation, équilibrations NVT/NPT
ANALYSE DE TRAJECTOIRE ET LIVRABLES :
- Métriques structurales : RMSD, RMSF, rayon de giration (Rg) et SASA
- Dynamique d'interaction : liaisons hydrogène, cartes de contact et PCA
- Livrables : fichiers de coordonnées (.gro/.pdb), trajectoire propre (.xtc), fichiers bruts .xvg, graphiques de vecteur pour publication (300 DPI) et rapport sur la méthode.
Veuillez m’envoyer votre PDB ID, détails du système et durée de la simulation avant de commander !
Mon portfolio
FAQ
Traduction automatique
Pouvez-vous simuler d’autres systèmes que le protéine-ligand ?
Oui. Je gère les apo-protéines, mutations ponctuelles, complexes protéine-peptide, insertions dans membrane lipidique et interfaces nanoparticule-protéine.
Quel matériel utilisez-vous pour les simulations en production ?
Les simulations sont exécutées sur des nœuds GPU haute performance utilisant SLURM pour la gestion des tâches et des environnements conteneurisés pour une rapidité optimale.
Fournissez-vous les fichiers de trajectoire ?
Oui, vous recevez tous les fichiers de topologie, paramètres (.mdp), coordonnées et trajectoires traitées ainsi que des figures en haute résolution.
