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Je vais effectuer une analyse de données de microbiome et de métagénomique
Analyse du microbiome, rédaction de demandes de subventions, correction de manuscrits, immunologie, oncologie
Je suis chercheur en doctorat en immunologie du cancer et en science du microbiome à l'Université Laval, au Canada. Au cours des cinq dernières années, j'ai eu la chance de publier dans des revues com...
À propos de ce service
Vous avez une montagne de données de séquençage mais vous ne savez pas comment les analyser correctement ?
Je suis chercheur en doctorat en immunologie du cancer et science du microbiome à l’Université Laval, Canada. J’ai analysé des données 16S rRNA et métagénomiques shotgun provenant de cohortes cliniques de plus de 600 échantillons, publiées dans Nature Communications, et présenté lors de plus de 40 conférences internationales. Je sais ce que les reviewers attendent et ce qui rend des figures prêtes pour publication.
Ce que je peux analyser :
- Séquençage d’amplicons 16S rRNA (DADA2, Phyloseq)
- Métagénomique shotgun (MetaPhlAn, Kraken/Bracken)
- Analyse de la diversité alpha et bêta
- Abondance différentielle (LefSe, ANCOM-BC2, MaAsLin2)
- Voies fonctionnelles (HUMAnN)
- Assemblage du métagénome et annotation fonctionnelle
- RNA-seq en bulk (interactions hôte-microbiome)
Outils : R, Python, DADA2, Phyloseq, MetaPhlAn, HUMAnN, clusters HPC
Vous recevrez : Analyse propre et entièrement reproductible, figures prêtes pour publication (qualité revue), interprétation claire de vos résultats, tous les scripts R et Python utilisés
Avec qui je travaille : étudiants en doctorat, chercheurs académiques, startups biotech, et équipes de recherche clinique en Amérique du Nord, Europe et Asie.
Vous ne savez pas si vos données conviennent ? Envoyez-moi un message d’abord, je vous dirai honnêtement ce qui est possible.
Mon portfolio
FAQ
Traduction automatique
Quels fichiers dois-je fournir ?
Fichiers FASTQ bruts de votre séquenceur, accompagnés d’un fichier de métadonnées (infos sur l’échantillon, groupes, conditions). Si vous n’êtes pas sûr de ce qu’il faut partager, envoyez-moi un message d’abord et je vous guiderai.
Mes données proviennent d’échantillons cliniques humains, est-ce acceptable ?
Oui, je travaille régulièrement avec des données de cohortes cliniques humaines. Assurez-vous simplement que vos données sont anonymisées et que vous avez l’approbation éthique appropriée de votre côté.
Ai-je besoin de connaître la bioinformatique pour travailler avec vous ?
Pas du tout. Je gère toute l’analyse et j’explique les résultats en langage simple. Vous devez juste comprendre votre biologie, je m’occupe du code.
Dans quel format seront livrées les figures ?
Fichiers PDF, SVG et PNG en haute résolution, prêts pour soumission à une revue. Je peux aussi ajuster les couleurs ou la mise en page selon les exigences de la revue.
Pouvez-vous m’aider à interpréter les résultats pour mon manuscrit ?
Oui. Tous les packages incluent une interprétation biologique écrite. Pour les packages Standard et Premium, je fournis un texte détaillé prêt pour discussion.
