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Je réaliserai une analyse bioinformatique de la séquence RNA en vrac et à cellule unique
Juliia N
À propos de ce service
Traduction automatique
Je suis bioinformaticien et je propose une analyse RNA-seq en utilisant des outils standards de l'industrie DESeq2, Scanpy et Cytoscape, pas de pipelines automatisés en boîte noire. Chaque script est exécuté et vérifié manuellement avant livraison, pour des résultats précis et prêts pour votre thèse, mémoire ou manuscrit.
Analyse de l'expression différentielle en vrac de base
Analyse DESeq2 à partir de votre tableau de comptages bruts. Vous obtenez un graphique en volcan, une carte thermique des gènes les plus significatifs, un tableau Excel avec Log2FC et p-values ajustées, ainsi qu’un court paragraphe Méthodes. Prêt pour publication, 300 dpi.
STANDARD + réseau d'interactions protéine-protéine
Tout dans la formule de base, plus un réseau d'interactions protéine-protéine basé sur STRING construit dans Cytoscape, avec identification des gènes clés (cytoHubba) et un tableau de vos 10 principaux gènes clés.
PREMIUM Analyse RNA à cellule unique
Pipeline complet pour cellule unique dans Scanpy : contrôle de qualité, clustering et visualisation UMAP. Les types de cellules sont étiquetés à partir de vrais gènes marqueurs, jamais devinés. Inclut un graphique UMAP, des diagrammes en violon pour les gènes marqueurs, et un tableau de gènes marqueurs par cluster.
Je confirme toujours que les noms des échantillons correspondent entre vos fichiers avant de commencer, ce qui évite les erreurs dans vos résultats.
Découvrez Juliia N
Juliia N
Bioinformatics Specialist for Genomics, Microbiome and Drug Discovery
- DePologne
- Membre depuisaoût 2026
- Temps de réponse moy.1 heure
Langues
Polonais, Ukrainien, Russe, Anglais
Bioinformatics specialist with an MSc and a strong academic focus on microbiology and biochemistry. I work with differential gene expression (DESeq2), single-cell analysis (Scanpy), microbiome profiling (phyloseq/vegan), molecular docking (AutoDock Vina), clinical variant annotation (Ensembl VEP), and publication-ready visualization — all built and tested in RStudio/Python with full reproducibility. Co-Founder & CSO of Forneus Technologies, leading biological data strategy for our bioinformatics and AI-driven HealthTech tools.
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FAQ
Traduction automatique
Quel format de fichier utilisez-vous pour les données brutes ?
CSV ou TSV avec les comptages bruts (gènes en lignes, échantillons en colonnes), plus un fichier de métadonnées séparé associant les noms d’échantillons aux groupes.
Réalisez-vous l'alignement de séquençage (FASTQ vers comptages) ?
Non, ce service commence à partir d'une matrice de comptages bruts. Si vous avez uniquement des fichiers FASTQ, contactez-moi avant de commander pour un devis personnalisé.
Pouvez-vous aider à interpréter la signification biologique des résultats ?
Oui. Je fournis un résumé factuel basé sur vos chiffres, et pour le niveau Premium, j’identifie directement les gènes clés et les types cellulaires à partir de vos données.
Quel logiciel utilisez-vous?
R (DESeq2, ggplot2, pheatmap), Python (Scanpy) pour la cellule unique, et Cytoscape pour l’analyse de réseau — tous des outils standards, évalués par des pairs.
