Je vais effectuer un docking moléculaire simulation MD avec GROMACS

Je suis étudiant en deuxième année de Master en Médecine Chinoise à l'Université du Nord-Ouest, sous la supervision du professeur Wang Yonghua, fondateur de la base de données TCMSP. Avec 2 ans d'expérience en recherche en laboratoire et 1,5 an de service académique en freelance, j'ai réalisé plus de 600 projets de simulation moléculaire pour des thèses et publications dans des revues.

Je propose des services complets de pharmacologie computationnelle couvrant trois modules principaux :

1. Docking moléculaire : AutoDock Vina/4 pour le docking protéine-ligand, prétraitement du ligand et de la protéine, classement de l'affinité de liaison, diagrammes d'interaction 2D et visualisation 3D avec PyMOL.
2. Simulation MD avec GROMACS : simulation de trajectoire de 100ns pour systèmes protéine-ligand, peptide et protéine-protéine, avec analyse complète RMSD, RMSF, Rg, SASA et liaisons hydrogène.
3. Énergie de liaison MM/PBSA : décomposition de l'énergie par résidu, extraction de snapshots de conformation et évaluation quantitative de la capacité de liaison.

Tous les packages fournissent les fichiers de paramètres bruts, des figures vectorielles haute résolution modifiables, des tableaux de données triés et des guides étape par étape. Je propose une consultation textuelle illimitée et une révision gratuite d'une figure par commande. Les fichiers complets de trajectoire MD sont disponibles en achat supplémentaire.