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Je vais exécuter une simulation de dynamique moléculaire GROMACS et analyser votre protéine
Bioinformaticien en RNA seq et analyse de cellules uniques Analyste en bioinformatique
Bonjour, je suis Maaz, chercheur en biotechnologie originaire de Karachi, avec une expérience pratique en bioinformatique. Je crée des pipelines reproductibles et transforme les données de séquençage ...
À propos de ce service
Vous avez besoin d'une simulation de dynamique moléculaire mais vous bloquez sur la configuration, les erreurs ou l'analyse ? Je suis un chercheur en biotechnologie avec une expérience pratique de GROMACS, et je prendrai votre protéine du fichier PDB jusqu'aux graphiques prêts pour publication.
Ce que vous obtenez :
- Préparation complète du système (champ de force CHARMM36, eau TIP3P explicite, neutralisation par ions)
- Minimisation de l'énergie, equilibration NVT et NPT, MD de production
- Nettoyage de la trajectoire (correction PBC, ajustement)
- Analyse : RMSD, RMSF, rayon de giration, liaisons hydrogène, SASA, structure secondaire, et PCA (selon le package)
- Graphiques propres et étiquetés (PNG, haute résolution) ainsi que les fichiers de données brutes
- Un résumé des méthodes que vous pouvez adapter pour votre propre rapport
Veuillez noter : Je fournis la simulation et l'analyse. L'interprétation et la rédaction de votre propre recherche restent à vous. La durée de la simulation et la taille du système dépendent des limites de calcul, alors contactez-moi d'abord avec votre ID PDB ou fichier, et je confirmerai la faisabilité.
Vous ne savez pas quel package choisir ? Envoyez-moi un message et je vous recommanderai.
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FAQ
Traduction automatique
Quel logiciel utilisez-vous?
GROMACS, avec graphiques réalisés en Python/Matplotlib et visualisation dans PyMOL.
Combien de temps peut durer la simulation ?
Cela dépend de la taille du système. Contactez-moi d'abord et je confirmerai.
Pouvez-vous simuler des protéines membranaires ?
Pas encore. Demandez-moi avant de commander. (Incluez cette question uniquement si c'est vrai pour vous. Ne promettez pas de systèmes membranaires tant que vous n'en avez pas exécuté un.)
Allez-vous rédiger la section de ma thèse ?
Non. Je fournis la simulation, les données, les figures et le résumé des méthodes.
Vais-je obtenir les fichiers d'entrée ?
Oui, dans le package Premium (ou proposé en option).
