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J'analyserai les données RNA seq à cellule unique humaine avec annotation cellulaire
Analyste en bioinformatique, RNA seq, visualisation de données scientifiques
Analyste en bioinformatique spécialisé dans le bulk RNA-seq humain, l'analyse de l'expression génétique et la visualisation de données scientifiques. J'aide les chercheurs à transformer des matrices d...
À propos de ce service
Transformez vos données RNA-seq à cellule unique humaine en insights biologiques clairs, structurés et prêts à être publiés.
Je propose un flux de travail d’analyse précis et conscient de l’identité, qui préserve la relation entre les cellules, les échantillons et les sujets tout au long du projet. Vos résultats seront livrés avec des figures de haute qualité, des tableaux organisés et une interprétation scientifique claire.
Selon le package choisi, l’analyse inclut :
Validation de la matrice de comptage et des métadonnées
Contrôle de qualité par échantillon
Détection et filtrage des doublets
Normalisation, PCA, UMAP et clustering
Intégration et revue des effets de lot
Identification des gènes marqueurs
Annotation du type cellulaire basée sur des preuves
UMAP, diagrammes en points, heatmaps prêts à publication
Fichiers H5AD organisés et tableaux de résultats
Expression différentielle pseudobulk sensible au sujet
Analyse de la composition cellulaire au niveau de l’échantillon
Rapport d’analyse structuré et enregistrements de qualité
Ce service est idéal pour les études multi-échantillons à cellule unique dans la recherche biomédicale, pharmaceutique et biotechnologique. Je combine analyse bioinformatique et visualisation scientifique pour fournir des résultats clairs, fiables et prêts pour rapports de recherche, présentations et publication.
Mon portfolio
FAQ
Traduction automatique
Quels types de données d’entrée acceptez-vous ?
Je travaille avec une matrice de comptage entier par gène et par cellule humaine, ainsi que des métadonnées correspondantes. Veuillez fournir la cartographie cellule-échantillon, les identifiants de sujet, les étiquettes de condition et les identifiants de gène si disponibles.
Traitez-vous les fichiers FASTQ bruts ?
Ces packages commencent à partir d’une matrice de comptage entier. L’alignement et la quantification bruts FASTQ ne sont pas inclus. Contactez-moi si vos données sont à un stade de traitement antérieur.
Comment effectuez-vous l’annotation du type cellulaire ?
J’utilise des gènes marqueurs, des motifs d’expression en cluster et des références biologiques disponibles. L’annotation est basée sur des preuves, et les populations incertaines ou conflictuelles sont clairement identifiées pour révision.
Comment l’expression différentielle est-elle analysée ?
Lorsque la conception de l’étude le permet, le package Premium utilise une analyse pseudobulk sensible au sujet. Les cellules fournissent la profondeur de mesure, tandis que les sujets biologiques définissent la réplication statistique.
Les scripts d’analyse reproductibles sont-ils inclus ?
Les scripts et notebooks R ou Python ne sont pas inclus par défaut. Des scripts reproductibles peuvent être achetés en option payante après revue du périmètre, du format des données et de l’environnement requis.
Pouvez-vous garantir des marqueurs spécifiques ou des résultats significatifs ?
Les résultats dépendent de la qualité des données, de la conception de l’étude, de la variation biologique et de la réplication des échantillons. Je fournis une analyse rigoureuse et transparente, mais je ne peux garantir des marqueurs spécifiques ou une signification statistique.
Quelles analyses ne sont pas incluses dans ces packages ?
Les analyses de transcriptomique spatiale, scATAC-seq, multiome, trajectoire, communication cellulaire, réseau de régulation et CNV nécessitent une revue de faisabilité et de tarification séparée.
