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Je vais analyser des données de séquençage ARN avec deseq2 et des graphiques prêts pour publication
Analyste en bioinformatique et données Omics
Bonjour, je suis Maghooz Khan, bioinformaticien professionnel et développeur en intelligence artificielle. Je travaille sur la génomique, la métagénomique, l'RNA-Seq, l'épigénétique, la méthylation, l...
À propos de ce service
Vous cherchez une analyse RNA-seq avec des tableaux, des graphiques clairs et une interprétation biologique ?
Je peux analyser des données bulk RNA-seq ou d’expression génique pour la recherche, une thèse, un manuscrit ou des projets biotech. Je travaille à partir de fichiers FASTQ, de matrices de comptage, de tableaux d’expression et de fichiers de métadonnées.
Les services incluent :
- Contrôle qualité RNA-seq et revue des échantillons
- Analyse de l’expression différentielle avec DESeq2 ou edgeR
- PCA, regroupement d’échantillons, diagrammes en volcan, et heatmaps
- Enrichissement GO, KEGG, Reactome ou GSEA
- Tables DEG propres et résumés d’expression génique
- Rapport Word/PDF avec une interprétation claire
- Code workflow R/Python ou Linux si nécessaire
Les outils peuvent inclure FastQC, MultiQC, STAR, HISAT2, Salmon, featureCounts, DESeq2, edgeR, clusterProfiler, ggplot2, R, Python et Linux.
Veuillez me contacter avant de commander pour que je puisse confirmer le nombre d’échantillons, les groupes, les comparaisons, les fichiers d’entrée et le meilleur package pour votre projet.
FAQ
Traduction automatique
De quels fichiers avez-vous besoin pour démarrer ?
J'ai besoin des fichiers FASTQ, de la matrice de comptage, du fichier de métadonnées, des détails sur le groupe d'échantillons, et des comparaisons que vous souhaitez analyser.
Pouvez-vous analyser des fichiers FASTQ bruts ?
Oui, je peux analyser des fichiers FASTQ bruts en utilisant un workflow complet de RNA-seq, comprenant le contrôle de qualité, l'alignement ou la quantification, la génération de comptages et l'analyse en aval.
Pouvez-vous travailler uniquement avec une matrice de comptage ?
Oui, si vous disposez déjà d'une matrice de comptage et de métadonnées, je peux effectuer une analyse de l'expression différentielle, des visualisations, des enrichissements et des rapports.
Fournissez-vous des graphiques prêts pour publication ?
Oui, je peux fournir des graphiques PCA, des volcans, des heatmaps, des diagrammes en barres, des diagrammes en points et des figures d'enrichissement de voies.
