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Je ferai du docking moléculaire, criblage virtuel et simulation MD
Analyste en bioinformatique et données Omics
Bonjour, je suis Maghooz Khan, bioinformaticien professionnel et développeur en intelligence artificielle. Je travaille sur la génomique, la métagénomique, l'RNA-Seq, l'épigénétique, la méthylation, l...
À propos de ce service
Vous avez besoin de docking moléculaire, criblage virtuel, simulation MD ou d’analyse d’interactions protéine-ligand pour votre recherche ?
Je vous aiderai à étudier les interactions entre ligand et protéine ou entre protéines en utilisant des workflows fiables de découverte de médicaments par calcul.
Les services incluent :
- Préparation des ligands/protéines
- Docking moléculaire et criblage virtuel
- Analyse des scores de docking et des poses de liaison
- Diagrammes d’interactions 2D/3D
- Mise en place et analyse de simulations de dynamique moléculaire
- Interprétation RMSD, RMSF, Rg, SASA, liaisons hydrogène et MM/PBSA
- Rapport scientifique, tableaux et figures prêtes pour publication
Les outils peuvent inclure AutoDock Vina, PyRx, Chimera/ChimeraX, Discovery Studio, GROMACS, VMD, Pymol et d’autres outils selon votre projet.
Veuillez me contacter avant de commander pour que je puisse vérifier votre protéine, ligands, nombre de composés, durée de la simulation, calendrier et livrables attendus.
FAQ
Traduction automatique
De quelles informations avez-vous besoin avant de démarrer le projet ?
J’ai besoin de la structure de la protéine cible ou de l’ID PDB, des structures de ligands ou des IDs PubChem, du nombre de composés, des outils de docking/MD requis si applicable, de l’objectif du projet et des livrables attendus tels que rapport, figures, tableaux ou résultats de style manuscrit.
Pouvez-vous travailler si je n’ai que les noms de ligands ou les IDs PubChem ?
Oui. Je peux récupérer les structures de ligands depuis PubChem ou d’autres bases de données publiques, les préparer et les utiliser pour le docking ou le criblage virtuel. Pour des composés personnalisés ou non publiés, veuillez fournir des fichiers SDF, MOL, MOL2, PDB ou SMILES.
Quel type d’analyse de docking sera inclus ?
Selon le package, je peux fournir les scores de docking, les meilleures poses de liaison, des tableaux de ligands classés, des diagrammes d’interactions 2D/3D, les liaisons hydrogène, interactions hydrophobes, discussion sur l’interaction dans le site actif et une interprétation scientifique.
Fournissez-vous des figures et tableaux prêts pour publication ?
Oui. Je peux préparer des figures et tableaux propres pour une thèse, un manuscrit, une présentation ou un rapport, y compris images d’interactions de docking, tableaux d’affinité de liaison, figures de comparaison de poses et tracés d’analyse MD si applicable.
Pouvez-vous suivre un article ou un protocole de recherche spécifique ?
Oui. Si vous avez un article de référence, un protocole ou une exigence de revue, partagez-le avant de commander. Je peux concevoir le workflow pour correspondre aux outils, paramètres, grille de docking, ligands, étapes de préparation de la protéine ou style d’analyse requis, dans la mesure du possible.
Quelles analyses de simulation MD pouvez-vous fournir ?
Pour les projets MD, je peux fournir des analyses telles que RMSD, RMSF, rayon de giration, SASA, liaisons hydrogène, termes énergétiques, analyse de distance, visualisation de trajectoire et interprétation de la stabilité du complexe selon le package et la portée du projet.
Pouvez-vous gérer du docking protéine-protéine ou seulement du docking protéine-ligand ?
Je peux soutenir à la fois le docking protéine-ligand et le docking protéine-protéine, selon le projet. Veuillez partager les structures protéiques, l’interaction cible et l’analyse attendue pour que je puisse confirmer le meilleur workflow avant de commencer.
Pourquoi envoyer un message avant de commander ?
Chaque projet diffère par la taille de la protéine, le nombre de ligands, les outils, la durée de la MD et les besoins en rapport, donc la portée doit être vérifiée en premier.
