Plus de 3 ans d'expérience spécialisée en génomique bactérienne, bioinformatique et intégration IA/ML
Conception de pipelines de bout en bout pour l'assemblage, l'annotation et la génomique comparative du génome bactérien
Expertise pratique avec des outils tels que BLAST, MEGA, iTOL, BPGA et des bases de données comme NCBI, EnsemblBacteria
Services proposés pour l'analyse du génome bactérien
- Analyse complète du génome bactérien utilisant BLAST, MEGA, iTOL et des outils de pan-génomique (par exemple BPGA)
- Construction et annotation d'arbres phylogénétiques avec visualisation via iTOL
- Profilage du pan-génome (analyse des gènes centraux, accessoires et uniques) sur plusieurs souches bactériennes
- Intégration et analyse de données GEO pour la transcriptomique bactérienne
- Analyse d'enrichissement (GO/KEGG) pour l'interprétation fonctionnelle des ensembles de gènes bactériens
- Développement de pipelines ML personnalisés pour identifier des biomarqueurs, des gènes de résistance ou des patterns évolutifs
- Pipeline évolutifs pour la génomique comparative, la découverte de cibles médicamenteuses et la classification microbienne