Je m'occuperai des tâches ingrates en bioinformatique

Le travail en bioinformatique comporte de nombreuses étapes fastidieuses qui ne figurent pas dans la section méthodes d’un article, mais qui prennent beaucoup de votre temps :

- Effectuer un contrôle de qualité sur les fichiers de séquençage bruts et interpréter le rapport

- Résoudre les problèmes de nommage de fichiers désordonnés sur des dizaines ou des centaines d’échantillons

- Corriger une étape de pipeline qui échoue régulièrement (Snakemake, Nextflow ou un script personnalisé) à cause de incompatibilités de format ou de problèmes d’environnement

- Formater les métadonnées pour la soumission à GEO/SRA

- Vérifier une liste de gènes ou de variants contre des bases de données et compiler un résumé annoté propre

C’est le travail de fond qui est facile à décrire mais fastidieux et sujet à erreurs en pratique, surtout avec des fichiers réels, désordonnés et de grande taille. J’ai une expérience pratique avec ces outils et pour résoudre les cas limites inévitables.

Indiquez-moi ce qui ne fonctionne pas ou ce qu’il faut faire, et envoyez-moi un échantillon de vos données. Je vous dirai exactement ce que je peux livrer et à quelle vitesse.