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Je vais effectuer des simulations MD, du docking moléculaire et de l’analyse de données
Chercheur postdoctoral
Bonjour, je suis Mueed, biologiste computationnel/bioinformaticien avec plus de 4 ans d’expérience postdoctorale en conception de médicaments assistée par ordinateur (CADD), criblage virtuel assisté p...
À propos de ce service
Je peux vous aider avec :
Analyse de docking moléculaire et d’interactions protéine-ligand
Analyse post-simulation incluant RMSD, RMSF, PCA et analyse d’interactions
Modèles de Markov, réseaux de corrélation et analyse basée sur des graphes
Découverte de médicaments computationnelle et conception moléculaire de novo
Analyse de données scientifiques utilisant Python, R et MATLAB
Interprétation et visualisation des résultats computationnels
Revue et optimisation des workflows de modélisation moléculaire
Je fournis une analyse précise, reproductible, avec une interprétation scientifique claire et des résultats prêts pour présentation.
Domaine:
Machine learning
Expertise:
Apprentissage des fonctionnalités
•
Analyse prédictive
Langage de programmation:
Python
•
R
•
MATLAB
Outils:
tensorflow
•
Excel
Technologie:
Python
•
PyTorch
•
scikit-learn
•
MATLAB
•
Pandas
•
RStudio
Mon portfolio
FAQ
Traduction automatique
De quelles informations avez-vous besoin avant de démarrer le projet ?
Veuillez fournir une brève description de votre projet, le type d’analyse requis, les fichiers/données disponibles, vos préférences logicielles si vous en avez, et vos livrables attendus. Pour les projets de docking ou MD, veuillez également fournir les structures protéine/ligand et tout fichier de simulation ou docking existant.
Pouvez-vous analyser des trajectoires MD existantes ou des résultats de docking ?
Oui. Je peux analyser les trajectoires fournies, les poses de docking, les profils d’interaction et autres données associées, y compris RMSD, RMSF, PCA, interactions protéine-ligand, analyse conformationnelle et visualisation scientifique.
Réalisez-vous des simulations de dynamique moléculaire à partir de zéro ?
Oui, mais cela dépend des ressources informatiques disponibles. Veuillez me contacter avant de commander une simulation MD complète pour que je puisse confirmer la portée, le calendrier et le coût.
Avec quels logiciels de modélisation moléculaire travaillez-vous ?
J’ai de l’expérience avec AMBER et GROMACS pour les simulations de dynamique moléculaire, ainsi que pour le docking moléculaire, PyMOL, RDKit, Python, R, MATLAB, Shell (scripts) et autres outils de biologie computationnelle.
Pouvez-vous travailler avec plusieurs ligands ou complexes protéine-ligand ?
Oui, mais la charge de travail dépend du nombre de systèmes et du type d’analyse requis. Veuillez me contacter d’abord pour des projets impliquant plusieurs ligands, du docking à grande échelle ou plusieurs trajectoires MD.
Fournirez-vous des figures et une interprétation des résultats ?
Oui. Selon le package choisi, je peux fournir une interprétation scientifique claire, des figures de qualité publication ou présentation, et un résumé concis des principales découvertes.
Pouvez-vous aider à revoir ou dépanner mon workflow computationnel ?
Oui. Je peux examiner les workflows de docking moléculaire, de simulation MD ou de biologie computationnelle, identifier les problèmes méthodologiques, recommander des outils et paramètres appropriés, et aider à améliorer la reproductibilité.
Mes données et résultats non publiés resteront-ils confidentiels ?
Oui. Les données du client, résultats non publiés, structures et informations sur le projet seront traités comme confidentiels et utilisés uniquement pour réaliser le travail convenu.
