Je ferai une analyse bioinformatique RNA seq DNA seq et appel de variants

Vous avez besoin d'une analyse bioinformatique fiable, prête à être publiée ? Vous êtes au bon endroit.

Je propose une analyse NGS complète pour RNA-Seq et DNA-Seq, incluant l'appel de variants et leur annotation, en suivant les meilleures pratiques GATK et les outils standards actuels.

RNA-Seq : contrôle de qualité, trimming, alignement (STAR / HISAT2 / Salmon), quantification, expression différentielle (DESeq2 / edgeR), et enrichment fonctionnel (GO / KEGG / GSEA) avec PCA, diagrammes en volcan et heatmaps.

DNA-Seq et analyse de variants : alignement (BWA-MEM), marquage des duplicats, BQSR, appel de variants (GATK HaplotypeCaller / Mutect2 / DeepVariant / bcftools), plus annotation (VEP / ANNOVAR / SnpEff) et tableaux de variants filtrés et priorisés.

Vous obtenez des résultats propres et reproductibles : fichiers traités, tableaux annotés, figures haute résolution, et un résumé clair des méthodes que vous pouvez intégrer directement dans un article ou un rapport.

Je travaille avec des organismes humains, modèles et non-modèles, en études germinales et somatiques.

Projet nouveau ou vous ne savez pas ce dont vous avez besoin ? Contactez-moi d’abord et je vous proposerai le pipeline précis et un devis pour vos données.