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Je vais effectuer une analyse de données NGS
Bioinformaticien
Je propose des services d’analyse de données NGS, spécialisés dans la conversion de données de séquençage brutes (FASTQ) en résultats de variants de haute qualité (VCF).
Mon flux de travail inclut :
...
À propos de ce service
Je propose des services professionnels d’analyse de données NGS, spécialisés dans la conversion de données de séquençage brutes (FASTQ) en résultats de variants de haute qualité (VCF).
Je réaliserai un pipeline complet et fiable en utilisant des outils bioinformatiques standards.
Ce que je ferai :
- Contrôle de qualité des fichiers FASTQ (FastQC, fastp)
- Alignement des séquences avec BWA
- Traitement des BAM avec SAMtools
- Appel de variants avec GATK
- Sortie VCF propre et reproductible
Ce que vous recevrez :
- Fichiers BAM traités
- Fichier VCF final
- Résumé des étapes effectuées
️ Important :
- Adapté aux jeux de données de recherche et académiques
- Les grands jeux de données peuvent nécessiter du temps ou des ressources supplémentaires
Si vous avez des exigences spécifiques, n'hésitez pas à me contacter avant de passer commande.
Technologie:
Jupyter Notebook
•
RStudio
Expertise:
Prédiction
Langage de programmation:
Python
•
R
•
SQL
FAQ
Traduction automatique
De quelles données avez-vous besoin ?
Fichiers FASTQ et génome de référence (si disponible)
Pouvez-vous gérer de grands ensembles de données ?
Oui, mais les grands jeux de données peuvent nécessiter du temps ou des ressources supplémentaires.
Quels outils utilisez-vous?
BWA, SAMtools, GATK, FastQC et fastp.
Fournirez-vous une interprétation ?
Une interprétation de base est incluse dans le package premium.
