Je réaliserai des pipelines de bioinformatique pour rnaseq et métagénomique

Que vous ayez besoin d’un workflow personnalisé pour RNA-Seq, d’une analyse de la diversité microbienne ou d’un pipeline multi-omics construit de zéro, je conçois des solutions bioinformatiques reproductibles et évolutives adaptées à vos données. Avec une expérience pratique en HPC et Linux, je crée des workflows propres et bien documentés pour que vous puissiez vous concentrer sur la science, pas sur le code.

Ce que je peux faire pour vous : De la lecture brute aux résultats finaux, je gère le contrôle de qualité du pipeline, le trimming, l’alignement, la quantification, l’analyse différentielle et la visualisation. Pour la métagénomique, je couvre le profilage taxonomique, la diversité alpha/bêta et l’analyse des communautés microbiennes.

Outils & logiciels : J’utilise des outils standards de l’industrie tels que FastQC, Trimmomatic, HISAT2, DESeq2, STAR, QIIME2, Kraken2, Bash/Linux, SLURM et R pour garantir que votre pipeline soit à la fois puissant et reproductible.

Pourquoi travailler avec moi : Chaque pipeline est livré avec une documentation claire et un README pour que votre équipe puisse le maintenir et le réutiliser. Les scripts sont optimisés pour les clusters HPC, évolutifs pour de grands ensembles de données et entièrement reproductibles. Que vous soyez un chercheur académique, une startup biotech ou un laboratoire clinique, je fournis des résultats fiables et exploitables.