Je vais effectuer un docking et une simulation avancée de dynamique moléculaire

Vous recherchez des services de simulation de dynamique moléculaire (DM) et d'amarrage moléculaire de niveau expert pour votre projet de recherche, votre publication ou vos travaux de découverte de médicaments ? Vous êtes au bon endroit !

Grâce à mon expertise approfondie en biologie et chimie computationnelles, je propose des simulations MD complètes et des analyses avancées utilisant des outils standards de l'industrie tels que GROMACS, AMBER, BIO3D et autres.

Services que j'offre :

Amarrage moléculaire :

• amarrage protéine-ligand
• analyse du score d'amarrage
• Visualisation de la pose de liaison

Simulation de dynamique moléculaire (MDS) : (Protéine-Ligand, Protéine-Protéine, Protéine-ADN/ARN)

• Pipeline MD complet
• Simulations jusqu'à 2000 ns ou plus avec GROMACS

Analyse post-doctorale :

• RMSD
• RMSF
• Rg
• SASA et SASA enterré
• Liaison hydrogène
• Distance protéine-ligand
• Analyse de la structure secondaire
• Analyse en composantes principales (avec Bio3D)
• FEL (Paysage de l'énergie libre)
• DCCM
• parcelles de porc-épic
• Réseaux de mouvements 3D corrélés et anti-corrélés
• MMGBSA et MMPBSA
• Analyse de l'énergie de décomposition par résidu
• Vidéo MDS

Outils et logiciels utilisés :

GROMACS | AMBER | BIO3D | VMD | PyMOL | UCSF Chimera | AutoDock | MMGBSA/MMPBSA | MDAnalysis | Schrödinger | PyRx | BIOVIA Discovery Studio | XMGrace