Je réaliserai une séquence RNA, une analyse DGE, une WGCNA et de la transcriptomique

Je propose une analyse transcriptomique rigoureuse, prête pour publication, allant des matrices de comptage brutes à l’interprétation biologique en utilisant DESeq2, WGCNA et des outils d’enrichissement de voies dans R et Python.

Je propose :

• Analyse d’expression différentielle : DESeq2, limma, edgeR
• WGCNA : construction de réseaux de co-expression, identification de gènes clés, corrélation avec les traits
• Enrichissement de voies : GO, KEGG, Reactome avec clusterProfiler
• ssGSEA : infiltration de cellules immunitaires et scoring de jeux de gènes
• Gestion de datasets GEO : récupération, prétraitement, normalisation
• Visualisation : diagrammes volcano, heatmaps, PCA, pheatmap, ggplot2
• Intégration avec des pipelines de découverte de médicaments ou de pharmacologie réseau

Compétences :

• R · DESeq2 · WGCNA · limma · clusterProfiler · ggplot2 · pheatmap
• Python · Pandas · matplotlib · seaborn
• GEO · TCGA · KEGG · Reactome · GO

Pourquoi me choisir :

• Expérience pratique avec de vrais datasets transcriptomiques de COPD et de cancer
• Scripts R propres et annotés livrés avec chaque commande
• Figures formatées selon les normes de soumission aux revues
• Réactivité et attention aux détails tout au long du projet
• À l’aise avec la gestion de datasets GEO complexes et réels