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Je vais exécuter des simulations de dynamique moléculaire accélérées par GPU pour vous
Votre expert en biologie computationnelle pour tous vos besoins de recherche
Bonjour et bienvenue !
Je suis diplômé en biotechnologie avec une spécialisation en biologie computationnelle. Mon expérience couvre le docking moléculaire, les simulations MD, la transcriptomique, l...
À propos de ce service
Bienvenue dans mon service de simulation de dynamique moléculaire !
Je réalise des simulations MD accélérées par GPU pour les chercheurs, étudiants et équipes biotech qui ont besoin de données de simulation fiables sans accès à une infrastructure de calcul haute performance.
Ce que je propose :
- Pipeline complet de simulation : À partir d’un fichier PDB ou SMILES brut, je m’occupe de la préparation du système, de la solvatation, de l’ionisation, de la minimisation d’énergie, de l’équilibrage NVT/NPT et des simulations de production MD.
- Logiciels & forcefields : GROMACS et AMBER, avec CHARMM36m, AMBER ff19SB, GROMOS et OPLS-AA. Systèmes protéiques, acides nucléiques, ARN/protéines, membranes et ligands traités.
- Analyse post-simulation : RMSD, RMSF, Rg, liaisons H, PCA, MM/PBSA, MM/GBSA, et plus selon votre package.
- Figures prêtes pour publication : Graphiques haute résolution et visualisations moléculaires avec PyMOL, VMD et R/ggplot2.
- Options personnalisées : Simulations coarse-grained (CG) et analyse QM/MM (ORCA-GROMACS) disponibles sur demande.
Contactez-moi avant de commander si vous avez un système volumineux ou des exigences spécifiques. Je suis heureux de collaborer. Travaillons ensemble pour faire avancer votre recherche !
FAQ
Traduction automatique
Quels fichiers d'entrée dois-je fournir ?
Un fichier de structure protéique (PDB ou mmCIF) et, si applicable, votre ligand en format SDF, MOL2 ou SMILES. Si vous avez uniquement un ID UniProt ou un code PDB, je peux récupérer et préparer la structure moi-même.
Quels logiciels et forcefields utilisez-vous ?
GROMACS et AMBER. Forcefields : CHARMM36m, AMBER ff19SB, GROMOS96, et OPLS-AA. Modèles d’eau : TIP3P et SPC/E. Si vous avez une exigence spécifique, mentionnez-la avant de commander.
Quels types de systèmes pouvez-vous simuler ?
Complexes protéine-ligand, protéine-protéine, ARN/DNA-protéines, protéines membranaires, et systèmes d’acides nucléiques autonomes. Pour des systèmes inhabituels, contactez-moi d’abord pour confirmer la faisabilité.
Combien de temps prendra ma simulation ?
Cela dépend de la taille du système et de la durée de la simulation. Un run de 100ns prend généralement 2-3 jours, 300ns en 4-5 jours, et plus de 500ns en 7 jours.
Quelle infrastructure informatique utilisez-vous pour les simulations ?
Je réalise des simulations sur des serveurs GPU haute performance, y compris des nœuds RTX 4090 et RTX 5090. Sur un 5090, un système de plus de 100k atomes tourne à environ 250-300ns/jour, assurant un délai rapide sans compromettre la qualité de la simulation.
Pouvez-vous faire des simulations coarse-grained ou QM/MM ?
Oui, ces deux options sont disponibles en tant qu’options personnalisées. Les simulations CG utilisent le forcefield MARTINI. QM/MM se fait via ORCA couplé à GROMACS. Contactez-moi pour discuter du périmètre et du prix avant de commander.
Mes données sont-elles confidentielles ?
Oui. Je ne partage pas les structures, séquences ou résultats de mes clients avec quiconque, et je suis prêt à signer un NDA si nécessaire.
