Je vais analyser vos données de microbiome 16s avec qiime2 bioinformatics

Types d’analyse :

ANALYSE DE BASE :

• Contrôle de la qualité des données.
• Dénaturation et regroupement (ASV).
• Classification taxonomique.
• Abondance relative.
• Arbre phylogénétique.

ANALYSE STANDARD :

Analyse de base +

• Courbes de rarefaction.
• Analyse de la diversité alpha : indice de Shannon, caractéristiques observées, diversité phylogénétique de Faith, équitabilité de Pielou.
• Analyse de la diversité beta : distance de Jaccard, distance de Bray-Curtis, distance unweighted UniFrac, distance weighted UniFrac.
• Méthodes d’ordination : Analyse en coordonnées principales (PCoA), Projection et approximation par la variété uniforme (UMAP).
• Test d’abondance différentielle avec ANCOM-BC.
• Tests de signification statistique : Kruskal-Wallis, PERMANOVA (ADONIS), ANOSIM, PERMDISP.

ANALYSE PREMIUM :

Analyse standard +

• Réactions enzymatiques (EC).
• Gènes (KO / orthologie KEGG).
• Voies métaboliques (MetaCyc).
• Analyse comparative.

Notes :

*Les packages Standard et Premium nécessitent des informations sur le groupe expérimental et au moins 3 réplicats biologiques par groupe pour effectuer des analyses de diversité et statistiques.

*Le prix indiqué est par échantillon. Des remises sont disponibles pour les projets avec plusieurs échantillons.