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J'exécuterai des simulations de dynamique moléculaire 100 ns et 33 analyses avec GROMACS
Biotechnologue, bioinformatique CADD et recherche scientifique, recherche en propriété intellectuelle
Nous soutenons la recherche en sciences de la vie grâce à des services de découverte de médicaments par informatique et de bioinformatique. BTGenZ se spécialise dans le docking moléculaire, les simula...
À propos de ce service
En utilisant GROMACS, je propose des simulations et une suite d’analyse complète, sous réserve de la compatibilité du système.
Ce que vous obtenez :
- Stabilité structurale : RMSD, RMSF, rayon de giration (Rg), SASA, et DSSP.
- Interactions moléculaires : Liaisons hydrogène, ponts salins, contacts hydrophobes, empreintes ProLIF, analyse de distance, d’angle et de dièdre.
- Énergie de liaison : MM-PBSA et MM-GBSA.
- Analyse avancée : PCA, DCCM, regroupement de trajectoires, paysage d’énergie libre (FEL), et analyse de Ramachandran.
- Analyses supplémentaires : QC, centrage PBC, dynamique d’hydratation, RDF, MSD, densité spatiale, dynamique des poches, surface d’interface, descripteurs de forme et structures représentatives, ainsi que des analyses spécialisées applicables.
- Sorties : Fichiers de simulation bruts, données numériques, graphiques d’analyse, et structures/trajectoires traitées lorsque applicable.
Rapport HTML interactif : 300 $ en supplément. Voir un exemple : https://sujay-19m.github.io/BTGenZ-Molecular-Dynamics-Scientific-Report/
Besoin de simulations plus longues, docking moléculaire, QSAR ou services CADD intégrés ? Contactez-moi pour un devis personnalisé avant de commander.
Domaine:
Autres
Expertise:
Autres
Langage de programmation:
Python
Outils:
Autres
Technologie:
Autres
Modélisation et méthodes:
Autres
Mon portfolio
FAQ
Traduction automatique
Recevrai-je toutes les 33 analyses pour n’importe quelle durée de simulation, y compris 1 ns ou 100 ns ?
Oui. Chaque package de simulation MD standard inclut la suite complète d’analyse en 33 points, que vous choisissiez 1 ns, 100 ns ou une durée plus longue. La pertinence des analyses dépend de votre système moléculaire et de votre objectif de recherche.
Puis-je demander uniquement certaines analyses au lieu des 33 ?
Oui. Des packages d’analyse personnalisés sont disponibles si vous avez besoin de résultats spécifiques. Vous devez sélectionner au minimum 13 à 16 analyses. Si vous souhaitez plus de 16 analyses, demandez nos packages groupés pour un meilleur rapport qualité-prix.
Avez-vous un tableau de prix pour les durées de simulation et les analyses personnalisées ?
Oui. Nous disposons d’un tableau de prix détaillé pour les durées de simulation et les modules d’analyse individuels. Contactez-moi avant de commander si vous avez besoin d’une combinaison personnalisée ou d’une simulation au-delà des packages listés.
Quels livrables vais-je recevoir ?
Vous recevrez les résultats bruts de la simulation, les données d’analyse numériques, les graphiques, et les structures ou trajectoires traitées si applicable. Un rapport scientifique HTML interactif est disponible séparément pour 300 $. Voir un exemple : https://sujay-19m.github.io/BTGenZ-Molecular-Dynamics-Scientific-Report/
Proposez-vous des services de docking moléculaire, QSAR ou CADD intégrés ?
Oui. En plus de la dynamique moléculaire basée sur GROMACS, je propose des services de docking moléculaire, de modélisation QSAR et de CADD intégrée. Contactez-moi avant de commander pour que nous discutions de vos besoins en recherche, portée, tarification et délai de livraison.
