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Je réaliserai une analyse bioinformatique de rna seq, wgs, wes et ngs
Spécialiste en bioinformatique et biologie computationnelle
Vous avez besoin d'une analyse bioinformatique ou computationnelle fiable pour votre recherche ?
Je suis un chercheur en bioinformatique avec un master à NUST, spécialisé en génomique, découverte de ...
À propos de ce service
Vous avez des données RNA-seq, NGS, WGS ou WES mais besoin d’un workflow bioinformatique clair et reproductible ?
Je propose une analyse professionnelle de données bioinformatiques et génomiques pour chercheurs, étudiants et équipes de recherche, allant des données de séquençage brutes à une interprétation biologique significative.
MES SERVICES INCLUENT
- Analyse de données RNA-seq et NGS
- Contrôle de qualité et prétraitement FASTQ
- Trimming et filtrage des reads
- Alignement et quantification
- Analyse de l’expression génique
- Analyse différentielle d’expression
- PCA, heatmaps et volcano plots
- Analyse de données WGS et WES
- Appel de variants, filtrage et annotation
- Analyse transcriptomique
- Enrichissement GO et KEGG
- GSEA et analyse de voies
- Analyse statistique et visualisation
- Jeux de données publics comme GEO et TCGA
- Workflows bioinformatiques reproductibles
- Figures et tableaux de qualité publication
OUTILS
Python | R | Linux | FastQC | MultiQC | STAR | HISAT2 | BWA | SAMtools | featureCounts | DESeq2 | GATK | bcftools et autres outils bioinformatiques spécifiques au projet.
Envoyez-moi votre objectif de recherche et vos données disponibles, je vous aiderai à déterminer le workflow d’analyse approprié.
FAQ
Traduction automatique
Quels types de données de séquençage pouvez-vous analyser ?
Je peux travailler avec des jeux de données RNA-seq, WGS, WES et autres NGS. Selon le projet, je peux commencer à partir de fichiers FASTQ bruts, fichiers BAM, matrices de comptage, fichiers VCF ou données génomiques traitées.
Pouvez-vous commencer à partir de fichiers FASTQ bruts ?
Oui. Je peux commencer à partir de fichiers de séquençage bruts et effectuer le contrôle de qualité, le prétraitement, l’alignement ou la quantification ainsi que l’analyse en aval appropriée.
Réalisez-vous une analyse différentielle d’expression RNA-seq ?
Oui. Le workflow peut inclure la génération de comptages, la normalisation, l’analyse différentielle, la PCA, les heatmaps, les volcano plots et l’interprétation biologique.
Réalisez-vous une analyse WGS et WES ?
Oui. Selon le projet, l’analyse WGS/WES peut inclure le contrôle de qualité, l’alignement, le traitement BAM, l’appel de variants, le filtrage, le traitement VCF et l’annotation.
Pouvez-vous effectuer un enrichissement GO, KEGG et de voies ?
Oui. L’enrichissement fonctionnel peut inclure GO, KEGG, GSEA ou d’autres analyses de voies appropriées selon l’organisme et les identifiants de gènes disponibles.
Quels outils utilisez-vous ?
Les outils sont sélectionnés en fonction du jeu de données et du design de l’étude. Les outils courants incluent FastQC, MultiQC, STAR, HISAT2, BWA, SAMtools, featureCounts, DESeq2, GATK et bcftools, ainsi que Python, R et Linux.
