Parcourir les catégories
Explorer
Fiverr Pro
Français
$
USD
Je réaliserai un docking moléculaire et une simulation MD
Spécialiste en bioinformatique et biologie computationnelle
Vous avez besoin d'une analyse bioinformatique ou computationnelle fiable pour votre recherche ?
Je suis un chercheur en bioinformatique avec un master à NUST, spécialisé en génomique, découverte de ...
À propos de ce service
Vous recherchez une simulation de docking moléculaire et de dynamique moléculaire fiable pour votre recherche en découverte de médicaments ?
Je propose une analyse complète de découverte de médicaments par calcul, depuis la préparation des protéines et ligands jusqu’au docking moléculaire, à l’analyse des interactions protéine-ligand et à la simulation de dynamique moléculaire avec GROMACS.
MES SERVICES INCLUENT
- Préparation des protéines et ligands
- Docking moléculaire protéine-ligand
- Docking avec AutoDock Vina et outils associés
- Analyse de l’affinité de liaison et du score de docking
- Évaluation des poses de docking
- Analyse des interactions protéine-ligand en 2D et 3D
- Analyse du site de liaison et des résidus en interaction
- Criblage virtuel de bibliothèques de composés
- Classement comparatif des ligands
- Analyse de la similarité médicamenteuse
- Prédiction ADMET et toxicité
- Simulation de dynamique moléculaire avec GROMACS
- Analyse RMSD
- Analyse RMSF
- Rayon de giration (Rg)
- Analyse SASA
- Analyse des liaisons hydrogène
- PCA et analyse de trajectoire si nécessaire
- Analyse de l’énergie libre de liaison MM-PBSA si applicable
- Figures et tableaux de résultats pour publication
OUTILS
GROMACS | AutoDock Vina | PyMOL | Chimera/ChimeraX | Discovery Studio | SwissADME | Python | outils de découverte de médicaments par calcul
Type de service:
Recherches
Langue:
Anglais
Préférence du type de livraison
Veuillez informer le freelance de toute préférence ou préoccupation concernant l'utilisation d'outils d'IA dans la réalisation et/ou la livraison de votre commande.
Le travail académique à réaliser à votre place est contraire à l'éthique puisqu'il viole la plupart des codes d'honneur des écoles.
Demander aux vendeurs de préparer des devoirs/travaux académiques en votre nom va à l'encontre des règles de Fiverr Normes de la communauté et peut entraîner la désactivation de votre compte.
FAQ
Traduction automatique
Quelles informations avez-vous besoin pour commencer le docking moléculaire ?
Veuillez fournir la structure de la protéine cible ou l’ID PDB, les structures des ligands ou noms/ID des composés, votre objectif de recherche et le site de liaison attendu si connu. Si le site de liaison n’est pas connu, mentionnez-le avant de commander afin que le workflow approprié puisse être discuté.
Quel logiciel utilisez-vous pour le docking moléculaire ?
Selon le projet, je peux utiliser AutoDock Vina et les outils de préparation de protéines et ligands associés. PyMOL, Chimera/ChimeraX, Discovery Studio et logiciels liés peuvent être utilisés pour la visualisation moléculaire et l’analyse des interactions.
Réalisez-vous des simulations de dynamique moléculaire ?
Oui. Je réalise des simulations de dynamique moléculaire avec GROMACS, incluant des analyses telles que RMSD, RMSF, rayon de giration, SASA et liaisons hydrogène. Des analyses de trajectoire supplémentaires peuvent être ajoutées selon l’objectif de recherche.
Pouvez-vous réaliser des simulations MD de 50 ns ou 100 ns ?
Oui. Les simulations MD peuvent être effectuées pour différentes durées selon le système moléculaire et l’objectif de l’étude. Contactez-moi avant de commander des simulations plus longues comme 100 ns ou plus pour évaluer les besoins en calcul.
Réalisez-vous une analyse MM-PBSA de l’énergie libre de liaison ?
Oui. L’analyse MM-PBSA ou une analyse similaire de l’énergie libre de liaison peut être incluse lorsque cela est pertinent pour le système moléculaire et le workflow de simulation.
Pouvez-vous effectuer un criblage virtuel ?
Oui. Je peux réaliser un criblage virtuel contre une protéine cible. Les grandes bibliothèques de composés doivent être discutées avant la commande, car le prix et la livraison dépendent du nombre de composés, de la cible et des analyses en aval nécessaires.
