Je traiterai et analyserai vos données de génomique ou vcf avec python

Avez-vous des données de génomique nécessitant traitement, filtrage ou

annotation mais vous ne savez pas par où commencer ?

Je vais créer un pipeline bioinformatique fiable pour traiter vos

données VCF, BCF ou GWAS en utilisant des outils standards du secteur, fournissant

des résultats propres, annotés et prêts à l’analyse.

Ce que je peux faire :

Traitement et conversion de formats de fichiers VCF/BCF

Filtrage de variants par qualité, profondeur et fréquence allélique

Annotation de SNP avec Ensembl VEP

Traitement de données GWAS avec PLINK

Statistiques QC et rapports sommaires avec bcftools

Conversions de formats de fichiers (VCF, BCF, PLINK, haps/sample)

Automatisation du workflow complet avec Python

Visualisation des distributions de variants et des métriques de qualité

Ce que vous recevrez :

Fichiers de sortie traités et filtrés

Rapport sommaire QC

Script de pipeline Python (net, commenté, réutilisable)

Documentation claire et instructions d’utilisation

Je travaille avec bcftools, tabix, PLINK, Ensembl VEP et Python

les mêmes outils utilisés dans les pipelines de recherche en GWAS et génomique en production.

Contactez-moi avant de commander pour décrire votre dataset et vos objectifs.