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Je vais lancer une simulation de dynamique moléculaire avec Gromacs pour votre protéine
Bioinformatique et chimie computationnelle, conception de vaccins, simulation MD, DFT
J'aide les étudiants et les chercheurs à obtenir des résultats clairs et exploitables dans la conception de vaccins, la simulation de dynamique moléculaire, les calculs DFT et la prédiction de la stru...
À propos de ce service
Je réalise des simulations complètes de dynamique moléculaire en utilisant GROMACS dans un environnement Linux, comprenant la minimisation de l’énergie, l’équilibrage NVT/NPT, la simulation de production et l’analyse structurale post-simulation avec tous les résultats tracés et expliqués.
Je peux vous aider à :
- Préparer et minimiser la structure de votre protéine (fichier PDB)
- Réaliser un équilibrage NVT et NPT avec des graphiques de température, pression et densité
- Effectuer une simulation de production
- Calculer le RMSD (stabilité structurale dans le temps)
- Calculer le RMSF (flexibilité par résidu)
- Calculer le rayon de giration (compacité de la protéine)
- Fournir un résumé écrit interprétant la signification des résultats pour la stabilité de votre protéine
Idéal pour les étudiants qui ont besoin d’une simulation MD complète avec une analyse structurale appropriée pour une thèse, un devoir ou un projet de recherche, pas seulement des données brutes, mais une explication claire de ce que cela montre.
Technologie:
Google Analytics
•
Google Data Studio
Type d'analyse:
Analyse descriptive
•
Analyse prédictive
Expertise:
Prédiction
•
probabilité
•
maths
Langage de programmation:
Python
Mon portfolio
FAQ
Traduction automatique
Quels formats de fichiers dois-je fournir ?
Un fichier PDB de votre structure de protéine (ou la séquence brute si vous n'en avez pas encore — je peux vous aider à générer une structure en premier).
Quelle est la durée de la simulation de production ?
Les simulations standard sont de courtes durées (adaptées pour des vérifications initiales de stabilité). Si vous avez besoin de simulations plus longues (plusieurs nanosecondes), contactez-moi avant de commander afin que je puisse vous donner un devis précis pour le délai et le prix.
Quel logiciel utilisez-vous?
GROMACS sur Linux, avec des graphiques d'analyse générés à l'aide de Grace (xmgrace).
Vais-je comprendre les résultats si je ne suis pas familier avec les simulations MD ?
Oui — chaque service inclut une explication en langage simple de ce que signifient les graphiques et l'analyse pour la stabilité de votre protéine, pas seulement des fichiers bruts.
