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Je vais analyser les données de séquençage fastq et effectuer le contrôle qualité NGS
Ingénieur en bioinformatique et IA
Je suis ingénieur en bioinformatique et IA/ML spécialisé dans l’analyse de données biologiques avec Python, workflows génomiques et apprentissage automatique biomédical. Je crée des pipelines reproduc...
À propos de ce service
Je vais analyser vos données de séquençage FASTQ et réaliser un contrôle qualité NGS en utilisant un workflow bioinformatique reproductible.
L’analyse peut inclure :
Comptage des lectures et des bases
Statistiques sur la longueur des lectures
Analyse du pourcentage GC et N
Scores de qualité Phred
Metrics Q20 et Q30
Analyse de la qualité par position
Distributions GC et longueur des lectures
Comparaison entre qualité brute et traitée
Visualisations QC et résumé clair des résultats
Je peux travailler avec des fichiers FASTQ/FASTQ.GZ en paire et fournir des résultats organisés, faciles à interpréter et à réutiliser.
Ce service convient pour des projets de recherche, des travaux académiques, l’analyse de données génomiques et une évaluation préliminaire des données NGS.
Veuillez fournir vos fichiers FASTQ et toute information pertinente sur l’échantillon avant de commander, afin que je puisse confirmer que l’analyse demandée correspond au package choisi.
Langage de programmation:
Python
•
SQL
•
Colab
•
NoSQL
Outils:
Jupyter Notebook
•
opencv
•
tensorflow
•
Excel
FAQ
Traduction automatique
De quel type de fichiers de séquençage avez-vous besoin ?
Je travaille principalement avec des fichiers FASTQ ou FASTQ.GZ. Pour le séquençage en paire, veuillez fournir les fichiers R1 et R2. Fournissez également toute information disponible sur l’échantillon, la plateforme de séquençage et le contexte expérimental.
Analysez-vous les données FASTQ en paire ?
Oui. Le service supporte les données FASTQ en paire lorsque les fichiers forward (R1) et reverse (R2) sont fournis. Le package choisi détermine le nombre de jeux de données inclus.
Quelles métriques de qualité allez-vous analyser ?
Selon le package sélectionné, l’analyse peut inclure le comptage des lectures et des bases, la longueur des lectures, le pourcentage GC, N%, scores de qualité Phred, Q20/Q30, qualité par position, distribution GC, distribution de la longueur des lectures, et la comparaison entre données brutes et traitées.
Pouvez-vous effectuer un trimming des adaptateurs et de la qualité ?
Oui, lorsque le prétraitement est inclus dans le package choisi. Le workflow et les paramètres spécifiques dépendront des données de séquençage et des exigences du projet.
Recevrai-je les résultats de l’analyse et les visualisations ?
Oui. Les résultats sont fournis sous forme de sorties d’analyse organisées avec tableaux, métriques de qualité, visualisations et une interprétation concise de la qualité de séquençage observée.
Pouvez-vous analyser mes données avant que je passe commande ?
Oui. Contactez-moi d’abord avec les détails de vos fichiers FASTQ, la taille de l’échantillon, la configuration du séquençage et l’analyse souhaitée. Je peux confirmer le package approprié et la portée avant votre commande.
Pouvez-vous travailler avec des fichiers FASTQ.GZ ?
Oui. Les fichiers FASTQ compressés (.fastq.gz) sont supportés.
Pouvez-vous fournir un workflow bioinformatique personnalisé ?
Oui, pour des besoins hors des packages listés, contactez-moi avec vos exigences de workflow et les détails de l’échantillon. Je peux discuter d’un scope personnalisé et proposer une offre adaptée.
