Je vais réaliser une analyse de séquençage d'ARN à cellule unique

Vous avez besoin d'une analyse fiable, prête à être publiée, de séquençage d'ARN à cellule unique (scRNA-seq) ? Je vais exécuter un pipeline complet et reproductible allant des comptes bruts aux figures prêtes à la publication.

Je suis un chercheur en doctorat avec des publications évaluées par des pairs dans des revues SCI Q3-Q4 et une expérience pratique avec le scRNA-seq de 10x Genomics sur des échantillons humains, souris et végétaux. Chaque projet comprend des scripts R ou Python versionnés, un paragraphe décrivant la méthode, et des figures conformes aux exigences des revues (300+ dpi, texte vectoriel si possible).

Ce que je fournis, de A à Z :

- Contrôle qualité : filtrage des cellules/gènes, détection des doubles, filtrage mitochondrial/ribosomal, graphiques avant/après QC

- Normalisation et intégration : Seurat SCTransform ou normalisation Scanpy ; Harmony, Seurat v5 ou Scanorama pour plusieurs échantillons / lots

- Réduction de dimension et clustering : PCA, UMAP/t-SNE, réglage de la résolution avec clustree

- Annotation des types cellulaires : basée sur des marqueurs, avec cartographie de référence via SingleR, Azimuth ou CellTypist ; annotation végétale via PlantPhoneDB ou scPlantLLM

- Expression différentielle : marqueurs de cluster et comparaison condition vs condition, avec volcano, MA, heatmap ou dotplot

- Analyses avancées (Standard & Premium) : inférence de trajectoire