Je réaliserai une analyse de l'expression différentielle de l'arn microbial avec deseq2 et snakemake
Chercheur en biotechnologie : génomique microbienne et bioinformatique
À propos de ce service
Bienvenue ! En tant que chercheur en doctorat en biorobotique & microbiologie, je propose une analyse experte pour les données de séquençage RNA microbien.
Je ne me contente pas d'exécuter du code ; je suis un chercheur publié qui comprend la science derrière vos résultats. Ma spécialité est la différenciation de l'expression génique (DGE) et l'identification des gènes clés à régulation positive ou négative pour votre étude.
### Ce que propose ce service (RNA-Seq DGE)
Je propose trois niveaux d'analyse basés sur mon pipeline éprouvé (FastQC, HISAT2, featureCounts, DESeq2). (Veuillez consulter ma FAQ ci-dessous concernant le nombre d'échantillons !).
* Basique (Les "Données") :
Je réaliserai tout le pipeline jusqu'aux Read Counts (Étape 04). Ce forfait est idéal pour les chercheurs utilisant R/Python et ayant simplement besoin de la matrice de comptages finale.
* Standard (L'"Analyse") :
Il s'agit de l'analyse complète de DGE (Étape 05). Vous obtenez tout ce qui est dans le forfait Basique, PLUS toutes les visualisations clés : graphique en volcan, PCA, et heatmap.
* Premium (L'"Insight PhD") :
Le forfait complet prêt pour publication. Vous recevez tout dans le Standard, PLUS : un rapport PDF complet avec mon interprétation biologique experte (le "pourquoi") ET le Jupyter Notebook reproductible utilisé pour votre analyse.
**Veuillez me contacter avant de commander pour discuter de votre projet.
Langage de programmation:
Python
•
R
•
SPSS
Technologie:
Jupyter Notebook
Expertise:
Analyse de cluster
Outils:
Pandas
Autres services de Analyse de données I Offre
FAQ
Traduction automatique
Le prix de votre forfait ne mentionne pas le nombre d'échantillons. Pourquoi ?
Les prix des forfaits (30$, 50$, 80$) sont une base pour de petits projets pilotes (par exemple, 1-3 échantillons). Pour des cohortes plus importantes (4, 6 ou 20+ échantillons), veuillez m'envoyer un message. Nous discuterons de vos objectifs, et je vous enverrai une offre personnalisée précise.
Pourquoi devrais-je choisir le forfait Premium ? Quelle est sa valeur ?
Le forfait Premium est mon service "Insight" de niveau doctorat. Je ne me contente pas de fournir une liste de gènes ; je propose un rapport PDF complet avec une <strong>interprétation biologique</strong> (le "<strong>pourquoi</strong>"). Vous obtenez également le <strong>script Jupyter reproductible</strong> pour votre publication.
De quoi avez-vous besoin de ma part pour commencer ?
J'ai besoin de 3 choses : 1. Vos fichiers FASTQ bruts (R1 & R2). 2. Le génome de référence (FASTA) et les fichiers d'annotation (GFF/GTF). 3. Votre fichier de métadonnées (par exemple, quels échantillons sont 'Contrôle' vs 'Traité').

