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Je réaliserai le séquençage WGS bactérien et l'analyse génomique comparative
Co-fondateur de The Freelance Bubble
En tant que co-fondateur de The Freelance Bubble, je travaille avec une équipe pluridisciplinaire de plus de 23 chercheurs titulaires d’un doctorat, fournissant un soutien en recherche et en technolog...
Niveau 2
Répond à des critères de performance élevés et a fait ses preuves en matière de satisfaction clients.
À propos de ce service
Chez The Freelance Bubble, nous proposons des services professionnels de séquençage du génome entier bactérien (WGS) et d'analyse génomique comparative pour les chercheurs, laboratoires et équipes académiques travaillant avec des génomes microbiens.
Nos services peuvent inclure :
- Contrôle de qualité et trimming des fichiers FASTQ bruts
- Assemblage de novo du génome
- Évaluation de la qualité de l'assemblage
- Annotation du génome
- Confirmation de l'espèce et MLST
- Profilage des gènes de résistance antimicrobienne
- Détection des facteurs de virulence
- Identification des plasmides
- Analyse de similarité du génome et ANI
- Analyse comparative basée sur SNP
- Analyse du génome central et phylogénie
- Analyse pan-génomique
- Profilage des gènes centraux, accessoires et uniques
- Génomique comparative entre plusieurs isolats
- Figures et tableaux prêts pour publication
Nous utilisons des outils bioinformatiques établis tels que FastQC, fastp, SPAdes, QUAST, Bakta/Prokka, MLST, AMRFinderPlus, Abricate, FastANI, Snippy, IQ-TREE, Panaroo/Roary, et les workflows associés lorsque cela est pertinent.
Les livrables peuvent inclure des génomes annotés, des arbres phylogénétiques, des graphiques comparatifs, des résumés AMR/virulence, des scripts et des interprétations.
Veuillez nous contacter avant de commander pour de grandes collections d'isolats, des datasets FASTQ bruts, des projets pan-génomiques ou des workflows de génomique comparative personnalisés.
Mon portfolio
FAQ
Traduction automatique
Quel type de données de séquençage bactérien pouvez-vous analyser ?
Je peux travailler avec des lectures FASTQ brutes, des génomes assemblés, des génomes annotés ou des datasets de génomes bactériens disponibles publiquement.
Pouvez-vous analyser des fichiers FASTQ bruts ?
Oui. Le traitement des lectures brutes peut inclure le contrôle de qualité, le trimming, l'assemblage de novo, l’évaluation de l’assemblage et l’analyse génomique en aval.
Quelles analyses sont incluses dans le WGS bactérien ?
Selon le package, l’analyse peut inclure l’assemblage, l’annotation, MLST, gènes de résistance, facteurs de virulence, plasmides, ANI, analyse SNP, phylogénie et génomique comparative.
Pouvez-vous réaliser une analyse pan-génomique ?
Oui. L’analyse pan-génomique peut inclure le profilage des gènes centraux, accessoires et uniques, le clustering, la visualisation comparative et l’interprétation.
Pouvez-vous identifier les gènes de résistance antimicrobienne ?
Oui. Le profilage AMR peut être effectué en utilisant des bases de données et outils établis tels que AMRFinderPlus, workflows compatibles avec CARD ou autres ressources pertinentes.
Pouvez-vous réaliser une analyse phylogénétique ?
Oui. Je peux effectuer une analyse phylogénétique basée sur SNP ou sur le génome central et fournir des arbres phylogénétiques prêts pour publication.
Pouvez-vous comparer plusieurs isolats ou souches bactériennes ?
Oui. La génomique comparative peut inclure l’ANI, la comparaison du contenu génétique, l’analyse SNP, le pan-génomique, la comparaison AMR/virulence et les relations phylogénétiques.
Recevrai-je des figures et tableaux prêts pour publication ?
Oui. Selon le package choisi, les livrables peuvent inclure des arbres phylogénétiques, des graphiques comparatifs, des heatmaps, des résumés génomiques et des tableaux prêts pour manuscrit.
Fournirez-vous des scripts et fichiers d’analyse ?
Oui. Des scripts reproductibles, des sorties intermédiaires et des fichiers d’analyse pertinents peuvent être fournis si applicable.
Dois-je vous contacter avant de commander ?
Oui. Veuillez nous contacter d’abord pour de grandes collections d’isolats, des datasets de séquençage bruts, des projets pan-génomiques, des espèces bactériennes inhabituelles ou des pipelines personnalisés afin que nous puissions confirmer la portée et le délai.
